HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包,由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人携手推出HTSeq — A Python framework to work with high-throughput sequencing data。自发布以来就备受广大分析人员青睐,其提供了许多功能给那些熟悉python的大佬们去自信修改使用,同时也兼顾着给小白们提供了两个可以...
fastq更多质控,在命令行使用 htseq-qa 实现。htseq-qa还可以用sam文件生成比对到和未比对到参考基因组的质控信息(看sam分析模块)。htseq-qa参数的意义看这Quality Assessment with $python -m HTSeq.scripts.qa -t fastq -o test.pdf -r 150 test.fastq.gz 200000 reads processed 400000 reads processed ....
$HTSEQ_COUNT-f bam -s no -t gene${filename}.sorted_n.bam$GTF>$COUNT/${i}.htseq.count done 上面是htseq输出文件中,最后的一部分统计量,每个含义如下图所示: HTSeq的官网是『http://htseq.readthedocs.io/en/release_0.9.1/』,发表的文章是『HTSeq — A Python framework to work with high-...
HTSeq是一个Python包,主要用于从高通量测序数据(如RNA-seq或ChIP-seq)的对齐文件中计算基因或区域的reads计数。其主要原理如下: 1.读取对齐文件:HTSeq首先读取对齐文件(通常是SAM/BAM格式),其中包含了每个read的比对位置信息。 2.解析对齐信息:HTSeq解析每个read的比对信息,包括比对在哪个染色体的哪个位置以及比对是...
转录组HTseq对基因表达量进行计数 一:下载安装该软件 下载htseq这个python模块安装解压包,依赖于很多python的其它安装包及库,模块,我最讨厌python了,在有些电脑上特别难安装,而且服务器还有权限的问题。 解压进入该目录,输入 python setup.py install --user 记住,是- - 而不是— ...
RNA-Seq分析软件HTSeq的安装 1.本人刚开始安装的时候,先下载相关的软件包,然后安装installtion中的方法安装, 运行的时候老是报错。根据错误提示安装解决方法。也参考了其他的笔友的一些建议, 发现特别麻烦,后来无意中发现有小伙伴用bioconda来安装,一个命令,简单快捷。
和featurecounts一样,htseq-count也是一款进行raw count定量的软件。该软件采用python语言进行开发,集成在HTseq这个包中。 对于python的包,通过pip可以方便的进行安装,代码如下 pip install HTSeq HTSeq提供了许多处理NGS数据的功能,htseq-count只是其中进行定量分析的一个模块。
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解压 $ tar -zxvf HTSeq-0.6.1p1.tar.gz 安装 $cdHTSeq-0.6.1p1/$python setup.py install --user 测试 $python>>> import HTSeq>>> 能够 完成在python 里面导入 HTSeq 这个包,说明安装成功。
HTSeq是使用Python编写的一支用于进行基因Count表达量分析的软件,能根据SAM/BAM比对结果文件和基因结构注释GTF文件得到基因水平的Counts表达量。HTSeq进行Counts计算的原理简单易懂,容易上手。 1.配置编译环境 安装相关依赖。 yum install python36 python36-devel openblas python36-numpy python36-Cython bzip2-devel xz...