用法:hmmsearch 参数hmm文件 序列数据库Basic options:-h : show brief help on version and usage基本用法:-h :显示版本和用法的简要帮助信息 Options directing output:输出定向选项 -o <f> : direct output to file <f>, not stdout输出到文件中,而不是到标准输出-A <f> : save multiple alignment of ...
HMMSEARCH工具的使用需要提供两个参数,一个是目标蛋白序列,另一个是蛋白结构域库。目标蛋白序列可以通过实验或者生物信息学方法得到,而蛋白结构域库则可以从公共数据库中下载。在进行比对之前,需要对蛋白结构域库进行建模,建立隐马尔可夫模型(HMM)。 HMMSEARCH的工作流程包括以下步骤: 1. 建立蛋白结构域库的HMM模型。
搜索的参数 --max:Turnall heuristic filters off(less speed,more power)关闭所有的启发式过滤器--F1<x>:Stage1(MSV)threshold:promote hits w/P<=F1[0.02]--F2<x>:Stage2(Vit)threshold:promote hits w/P<=F2[1e-3]--F3<x>:Stage3(Fwd)threshold:promote hits w/P<=F3[1e-5]--nobias:turn ...
用法:hmmsearch 参数 hmm文件 序列数据库 Basic options: -h : show brief help on version and usage 基本用法: -h :显示版本和用法的简要帮助信息 Options directing output: 输出定向选项 -o <f> : direct output to file <f>, not stdout
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part1. 参数说明 # hmmsearch :: search profile(s) against a sequence database # HMMER 3.0 (March 2010); http://hmmer.org/ # Copyright (C) 2010 Howard Hughes Medical Institute. # Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3). # - - - - - - - - - - - - - -...