HMMSEARCH是一种常用的蛋白结构域鉴定工具,它可以通过比对已知的蛋白结构域库,来寻找目标蛋白中可能存在的结构域序列。这种方法被广泛应用于蛋白质结构和功能研究中。 HMMSEARCH的基本原理是将目标蛋白序列与已知蛋白结构域库中的序列进行比对,通过比对得到的得分和E值来判断目标序列中是否含有与已知蛋白结构域库中的序列...
hmmsearch是一种基于隐马尔可夫模型(Hidden Markov Model,HMM)的搜索方法,它可以根据已知的蛋白质结构域模型,对给定的蛋白质序列进行比对和鉴定。 hmmsearch的工作原理是通过比对待鉴定蛋白质序列与已知的蛋白质结构域模型,计算它们之间的相似度。相似度的计算是基于HMM的概率模型,它考虑了蛋白质序列的氨基酸组成、结构...
hmmsearch寻找相似序列 HMMER是基于隐马尔可夫模型,用于生物序列分析工作的一个非常强大的软件包,它的一般用途是识别同源蛋白或核苷酸序列和进行序列比对。与BLAST、FASTA等序列比对和数据库搜索工具相比,HMMER更准确。 hmmsearchis used to search one or more profiles against a sequence database.For each profile inhm...
在以往通用的hmmsearch中,经过一轮hmmsearch(round1)和hmmbuild之后再进行hmmsearch(round2),这样产生的结果round2比round1数量多了一倍,而且假阳性居多,并且e值最显著的序列也有可能是假阳性的错误序列(intreproscan可检查),因此在进行hmmsearch的时候,需要严格的过滤,尤其是在round2过程中,但是考虑到e值最显著的序列...
hmmsearch寻找相似序列 HMMER是基于隐马尔可夫模型,用于生物序列分析工作的一个非常强大的软件包,它的一般用途是识别同源蛋白或核苷酸序列和进行序列比对。与BLAST、FASTA等序列比对和数据库搜索工具相比,HMMER更准确。 再有HMM模型的情况下寻找相似序列可用hmmsearch,用法如下: ...
hmmsearch原理 hmmsearch是一种基于隐马尔可夫模型(HMM)的搜索工具,它可以在一个大型的数据库中搜索与一个已知的HMM模型相匹配的序列。HMM模型是一种统计模型,它可以描述一个序列的概率分布,而不是简单地将序列与一个预定义的模板进行比对。在搜索过程中,hmmsearch会将每个序列分解成一个序列集,然后对每个序列集进行...
hmmsearch: 使用HMM模型搜索序列库; 步骤1: 1、pfam下载多重比对文件的种子序列(PF02898_seed_NOS.txt) 2、如果没有就用多条参考序列进行多重比对,然后用hmmbuild构建模型(NOS基因为例) /PUBLIC/software/DENOVO/bio/software/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/hmmbuild PF02898_seed_NOS.hmm PF02898...
如果是用hmmsearch命令查询我们序列中的保守结构域: hmmsearch --domtblout hmm_WRKY.txt --cut_tc WRKY.hmm Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa target length是我们输入序列总长度;query length 输入的查询序列也就是蛋白结构域的总长度;筛选的时候不应该筛选这两个长度,没有意义;应该看后面的两个from to...
hmmsearch --domtblout Ensembl.txt PF01535.hmm Zea_mays.AGPv3.24.pep.all.fa 输入文件PF01535.hmm为HMM模型。 比较序列文件可以是FASTA格式。 --domtblout:domtblout格式输出 结果按照E-values值从小到大排序,形式与blast类似。 其中target name是每个目标序列的名称; ...
hmmsearch出现Segmentation fault (core dumped)是用我们提供的共享服务器分析的吗？可能是内存不够 ，删除...