2.1 在 Linux 或 Mac OS/X 系统上安装 HMMER 通过软件仓库安装 $ sudobrewinstallhmmer# OS/X, HomeBrew$ sudo portinstallhmmer# OS/X, MacPorts$ sudo aptinstallhmmer# Linux (Ubuntu, Debian...)$ sudo dnfinstallhmmer# Linux (Fedora)$ sudo yuminstallhmmer# Linux (older Fedora)$ sudo condainstal...
最近几天需要集中安装软件,尤其是不需要conda安装的,存在依赖的软件,尽量的自己去配置环境变量,针对个别在安装时报错的软件,简单记录一下,等过段时间有了数据后,会再具体的写一些这些软件的具体使用方法,结果解读。先简单说一下HMMER安装过程吧。 从功能基因研究的角度来讲,相关的搜索,比如从序列数据库中,找同源的...
conda install -c bioconda hmmer #用mafft序列比对,没有仍然可以conda下载 conda install -c bioconda mafft mafft --localpair --maxiterate 1000 --thread 10 globin.faa > globin.aln #用trimal过滤一下最好,没有conda下一下 conda install -c bioconda trimal trimal -in globin.aln -out globin_trimed....
例如,我的.bashrc具有以下内容: export PATH= $PATH :/home/steenwj/SOFTWARE/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries 2)安装直钓鱼者 如果您在安装Orthofisher时遇到问题,请通过或与主要开发人员Jacob L. Steenwyk联系,以获取帮助。 要通过anaconda安装,请执行follwoing命令: conda install -c jlsteenwyk ortho...