2.将比对得到的.clustal文件转为.sto文件 这一步可以使用python,也可以使用网页 网页:Fasta to Phylip Converter, choose file and convert it now 3.使用hmmbuild构建.hmm文件 hmmbuild Pfam.hmm pfam.sto 使用Hmmer寻找同源基因 - 知乎 除了以上还有一个办法 1.搜索doamin hmmsearch --cut_tc --domtblout outp...
hmmbuild 由多重比对序列构建hmm模型的python实现 ncbi多重序列比对,一、问题呈现找到Streptomyces属里hrdb基因的启动子(hrdbp)的保守序列,希望以此推断出-10区和-35区。二、过程1、下载15-20条hrdb基因的启动子序列,并处理形成一个fasta文件1.1、以coelicolorA3(2)的h
使用hmmbuild构建HMM模型,输入为Stockholm格式或者FASTA格式的多重比对序列文件(如:tutorial/globins4.sto),命令如下: hmmbuild test.hmm test.fas,其中test.fas为多序列比对结果(ClustalW方法比对),test.hmm则为产生的矩阵,输出的HMM模型
hmmbuild new2.hmm domain.aln 用新获得的自建hmm文件new2.hmm再次搜索 注意此时需要去掉参数--cut_tc,否则会获得报错:Error: TC bit thresholds unavailable on model domain hmmsearch --domtblout output2.txt new2.hmm protein.faa 结果:用结果自建的hmm文件搜索可获得更多的结构域!
具体的可以按照文献说明的 method 进行操作，一般可能是通过文献或者相关网站下载其他物种的MAPK 序列，基于...
，我将序列比对文件转移到了hmm程序的目录下，运行命令提示符，输入>hmmbuild xx.hmm xxfasta，提示缺少...
附上网上教程网址：https://www.himiku.com/archives/hmmer.html。唯一的出入点是我是直接下载多条序列...
正常吧， 物种内的特异模型会搜索到更多。