可以参考示例来熟悉 Hmmbuild 的操作。模型的准确性可以通过验证集评估。适当的预处理能提升 Hmmbuild 的效果。某些情况下需要对数据进行标准化。Hmmbuild 可与其他相关工具配合使用。不同的应用场景可能需要不同的参数设置。模型构建完成后可以保存以备后续使用。重新运行 Hmmbuild 可以优化模型。了解模型的原理有助于正确...
比对软件可以用mafft,ClustalW,mega等。使用ClustalW方法 也已使用ClustalW的网页工具 2.将比对得到的.clustal文件转为.sto文件 这一步可以使用python,也可以使用网页 网页:Fasta to Phylip Converter, choose file and convert it now 3.使用hmmbuild构建.hmm文件 hmmbuild Pfam.hmm pfam.sto 使用Hmmer寻找同源基因 ...