-s <FLOAT=0.55>应该清除的重复单倍体的相似性阈值。默认情况下,0.75用于-l1/-l2,0.55用于-l3。此选项同时影响HiFi-only组装和Hi-C分阶段组装。有关更多详细信息,请参阅如何调整参数以改善Hi-C整合组装?以及为什么初级组装或部分分阶段组装的大小远大于估计的基因组大小? -O <INT=1>应清除的重复单倍体的重叠...
-s FLOAT similarity threshold for duplicate haplotigs in read-level [0.75 for -l1/-l2, 0.55 for -l3] 这个参数的使用,和--hom-cov类似,在你得到的组装结果比实际的偏大的情况下,可以调整-s,程序默认为0.5,偏大的情况下可以往下调。 -n-hap --n-hap INT number of haplotypes [2] 这个参数可以...
1.3.2. 输出文件格式 Hifiasm输出的gfa格式组装图，遵循GFA 1.0规范，特有内容包含S、L、A类型表示，S表示Segment，L表示Link，A则保存reads构建contig/unitig信息。1.4. 组装后格式转换 二、建议Hifiasm组装二倍体物种 通常使用Hifiasm默认参数即可满足需求，但需根据样本情况调整参数。总结官方manual，...
但是,如果一个组装结果比另一个大得多,则这可能是由于hifiasm存在问题。要解决此问题,请为-s(默认值:0.55)设置较小的值。 另一个可能性是hifiasm错误地识别了同源 read的覆盖阈值。例如,hifiasm在组装期间输出以下信息: [M::purge_dups] homozygous read coverage threshold: 36 在此示例中,hifiasm将同源 read的...
通常使用默认参数就可以,要根据日志信息判断是否需要进行参数调整,最主要的日志信息是Kmer图,从而判断hifiasm是否能够正确的找到纯合峰,杂合峰的所在位置。如果hifiasm没有找对纯合峰所在的位置,会导致基因组大小不符合预期, 对于杂合率高的样本,一个常见的问题是分型的结果两套基因组差别较大,需要为-s设置更小的值(...
是否存在错误组装:如果后续的Hi-C,或者BioNano发现hifiasm组装结果有比较多错误组装,则可以适当降低 --purge-max, -s和 -O。或者设置 -u 关闭post-join 步骤,hifiasm通过该步骤提高组装的连续性。 还有几个Hi-C辅助组装(Hi-C integrated assembly)的参数。调高以下参数可能改善结果,但增加耗时。
作者也尝试了不同的随机种子或“-s 500000”参数,并得到了类似的结果。作者仅将MetaBAT2应用于主要的hifiasm-meta和HiCanu组件。在 MetaBAT2 分箱后,如果将 1 Mb 或更长的闭环重叠群与其他重叠群分箱在一起,作者将拆分它为一个单独的MAG。 ⑦评估模拟宏基因组文库的组装结果...
hifiasm/0.19.9#用测试数据运行(用-f0来处理较小的数据集)wget https://github.com/chhylp123/hifiasm/releases/download/v0.7/chr11-2M.fa.gz./hifiasm-o test-t4-f0 chr11-2M.fa.gz2>test.log awk'/^S/{print ">"$2;print $3}'test.bp.p_ctg.gfa>test.p_ctg.fa # 在FASTA获得主要的...
一般用:f0参数 基因型是杂合的时候参数:l0 minimap比对 参考:[GitHub - lh3/minimap2: A versatile pairwise aligner for genomic and sload/v2.24/minimap2-2.24_x64-linux.tar.bz2 | tar -jxvf - ./minimap2-2.24_x64-linux/minimap2 方法1 ...