--primary--primary参数与--alternate(或简写为-l0)一起使用时,可以输出两种类型的组装结果:主要(primary)组装和替代(alternate)组装。 主要组装:这是最有可能代表个体基因组的标准路径。它通常代表了基因组中的主要等位基因或最频繁出现的序列。 替代组装:这代表了除了主要路径之外的其他可能的组装路径。在杂合个体...
其他参数:hifiasm -h hifiasm软件使用 (1)市场上绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4: hifiasm -o test.asm -t 16 -l 2 -n 4 HiFi-reads.fa.gz 2> test.assemble.log #-t16为16线程,test.ccs.fa.gz为处理好的ccs数据,可为fasta或者fastq,用法很简单 (2)对于二...
1.3.2. 输出文件格式 Hifiasm输出的gfa格式组装图，遵循GFA 1.0规范，特有内容包含S、L、A类型表示，S表示Segment，L表示Link，A则保存reads构建contig/unitig信息。1.4. 组装后格式转换 二、建议Hifiasm组装二倍体物种 通常使用Hifiasm默认参数即可满足需求，但需根据样本情况调整参数。总结官方manual，...
默认是500000,这个参数非常棘手,尽量不调整。 3. Hifiasm作者建议 Hifiasm默认运行清除单倍型重复(purges haplotig duplications)的步骤(Trio-binning模式默认不运行)。对于纯合基因组(inbred or homozygous genomes),需要用-l0参数禁止运行清除步骤。 旧的HiFi reads可能在两端包含短的接头(adapter)序列。可以用-z20参数...
是的,请使用-l 0选项禁用去除重复步骤。 4、是否支持二倍体基因组? 是的,hifiasm的大多数模块都设计用于二倍体样本,包括去除重复步骤、部分分型组装和使用trio-binning 或Hi-C进行完全分型组装。 5、是否支持多倍体基因组? r_utg.gfa和p_utg.gfa文件没有损失,因此它们也适用于多倍体基因组。但是,目前hifiasm的...
一般来说,用hifiasm组装基因组,纯合材料用- l0,非纯系材料,参数-l3,分出两个单倍型,是默认参数,所以默认可以不设置。 两个模式大体输出结果如下图: image.png 可以看出来,区别在于前者多输出了一个a_ctg而后者则多输出了hap1.p_ctg和hap2.p_ctg ...
-l0 不进行purge CHM13-HiFi.fa.gz hifi数据 模式不同,输出文件的后缀也会有所不同 在这个模式下输出的文件以前缀.bp.后缀的形式输出。 #用awk转化gfa格式为fa格式,即得到组装的contig文件 #主文件 awk'/^S/{print ">"$2;print $3}'prefix.bp.p_ctg.gfa>prefix.bp.p_ctg.fa2>2.log ...
一般用:f0参数 基因型是杂合的时候参数:l0 minimap比对 参考:[GitHub - lh3/minimap2: A versatile pairwise aligner for genomic and sload/v2.24/minimap2-2.24_x64-linux.tar.bz2 | tar -jxvf - ./minimap2-2.24_x64-linux/minimap2 方法1 ...