hifiasm-meta是基于hifiasm的宏基因组组装工具：改善了一些宏基因组数据中比单样本测序更突出的问题（例如contained reads）；优先于获得连贯的contigs，过程不需要手工干预，和hifiasm相同是一个binary和一行命令；对于回收variants和SV，可能对read-contig的alignment+variant calling比处理assemblygraph更实用）；（可选）...
首先,hifiasm-meta具有读长选择步骤,可以减少高丰度菌株的覆盖率,而不会丢失低丰度菌株的数据。其次,在组装图的构建过程中,hifiasm-meta试图保护低覆盖率基因组中的序列,这些序列可能被视为嵌合序列并被原始hifiasm丢弃。第三,hifiasm-meta 只有在推断出与读长完全重叠的其他序列来自同一单倍型时,才会丢弃包含的序列,这...
文章显示,在真核生物基因组组装中,hifiasm在不同方法比较的组装基因组均具有更高的连续性、完整性和准确性;HiCanu、Verkko与LJA次之,但Verkko与LJA具有组装的contig较短等缺陷;NextDenovo仅对单倍体基因组具有更好的性能。 宏基因组组装评估中,hifiasm-meta以及metaflye的组装错误最少,但是在面对复杂宏基因组时hifia...
hifiasm_meta.1 r63.2: exits cleanly if --version or -h; update manpage and readme Jan 27, 2023 hist.cpp added --min-hist-cnt forchhylp123#49 Oct 27, 2020 htab.cpp backup, switching to use paf index for mahitt normalize as well ...
hifiasm_meta - de novo metagenome assembler, based on hifiasm, a haplotype-resolved de novo assembler for PacBio Hifi reads. - hifiasm-meta/Assembly.h at meta · xfengnefx/hifiasm-meta
HiFi reads(High Fidelity reads)是2019年由PacBio公司推出的基于环化一致性序列(Circular Consensus Sequencing,CCS)模式产生的既兼顾长读长(10-20kb...
哈佛大学医学院Dana-Farber癌症研究所李恒课题组重磅推出三代HiFi宏基因组组装软件——hifiasm-meta。研究论文“Metagenome assembly of high-fidelity long reads with hifiasm-meta”预印本在线发布。 宏基因组样本的do novo组装是研究微生物群落的常用方法。与单个物种的组装相比,宏基因组组装存在PacBio HiFi 数据中...
宏基因组组装评估中,hifiasm-meta以及metaflye的组装错误最少,但是在面对复杂宏基因组时hifiasm-meta的完整性及连续性明显优于metaflye,但同时也会保留部分冗余的序列。 目前来说,Hifiasm软件是用HiFi数据组装基因组的不二选择。 2. Hifiasm软件 简介 Hifiasm是一个利用PacBio HiFi数据进行从头组装基因组,获得单倍体基...
作者首先评估了hifiasm-meta (r58-31876a0),metaFlye (v.2.9) 和 HiCanu (v.2.2) 在两个人工合成菌群,ATCC和zymo(表 1),上的组装性能。ATCC由20个不同的物种组成,其中15个丰度较高,为0.18-18%,5个为稀有物种,丰度为0.02%。hifiasm-meta能够重建13个丰度较高的物种,并且每个物种都能被组装为一个完整的闭...
Bin file is one-way compatible with the stable hifiasm for now: stable hifiasm can use hifiasm_meta's bin file, but not vice versa. Meta needs to store extra info from overlap & error correction step. Switches See also README_ha.md, the stable hifiasm doc. #Interface -B Name of bin...