Hi-C模式下,纯合碱基比杂合碱基要多即为异常,则会错误判断纯合子覆盖度值。 如果有问题,需要使用参数--hom-cov指定纯合子覆盖度为纯合峰值(Ho_peak值,比如90)重跑一遍。 nohup hifiasm -o sample_prefix -t 48 --hom-cov 90 --h1 sample_HiC_1.fq.gz --h2 sample_HiC_2.fq.gz Hifi.fastq.gz 2>...
git安装 git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm cd hifisam && make conda安装 conda install -c bioconda hifiasm 1.2. Hifiasm的基础命令 命令 nohup hifiasm -o sample_prefix -t 32 --h1 sample_HiC_1.fq.gz --h2 sample_HiC_2.fq.gz Hifi.fastq.gz 2>&1 > hifiasm.log & ...
wget https://github.com/chhylp123/hifiasm/releases/download/v0.7/chr11-2M.fa.gz 2.运行程序; hifiasm使用时根据已有的数据分为三种模式:2.1.只有HiFi数据(基本)模式;2.2.有Hi-C数据的Hi-C模式;2.3.有双亲二代测序的Trio-binning模式。 2.1# Run on test data,基本模式, ./hifiasm -o test -t4 -f0...
git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm cd hifisam && make conda(推荐) 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 conda install -c bioconda hifiasm Usages Notes no need polish 无需合并多个输入文件 绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4 HiFi...
git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm cd hifisam && make conda(推荐) conda install -c bioconda hifiasm Usages Notes no need polish 无需合并多个输入文件 绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4 HiFi only 无需额外的数据类型组装 HiFi reads hifiasm -o...
用得非常之多的一款组装软件。安装容易,使用简便,默认参数跑就完事。hifiasm 拼接快速,更好应对重复片段,产生组装集质量高。 基于Hi-C可以产生单倍型分辨率的组装集。 hifiasm组装后不需要polish,简化了组装流程,大大节省了时间。 一、安装 gitclonehttps://github.com/chhylp123/hifiasmcdhifiasm && make ...
gitclonehttps://github.com/chhylp123/hifiasmcdhifisam && make conda(推荐) conda install -c bioconda hifiasm Usages Notes no need polish 无需合并多个输入文件 绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4 HiFi only ...
GitHub地址:https://github.com/chhylp123/hifiasm 官方教程:https://hifiasm.readthedocs.io/en/latest/index.html 洲更学长的笔记:https://xuzhougeng.top/archives/assemble-hifi-pacbio-with-hifiasm 软件安装 hifiasm的安装也非常简单,conda一条命令就可以了 ...
HiFi reads(High Fidelity reads)是2019年由PacBio公司推出的基于环化一致性序列(Circular Consensus Sequencing,CCS)模式产生的既兼顾长读长(10-20kb...
wgethttps://github.com/chhylp123/hifiasm/releases/download/v0.7/chr11-2M.fa.gz 2.运行程序; hifiasm使用时根据已有的数据分为三种模式: 2.1.只有HiFi数据(基本)模式; 2.2.有Hi-C数据的Hi-C模式;2.3.有双亲二代测序的Trio-binning模式。 2.1# Run on test data,基本模式, ...