Hi-C模式下,纯合碱基比杂合碱基要多即为异常,则会错误判断纯合子覆盖度值。 如果有问题,需要使用参数--hom-cov指定纯合子覆盖度为纯合峰值(Ho_peak值,比如90)重跑一遍。 nohup hifiasm -o sample_prefix -t 48 --hom-cov 90 --h1 sample_HiC_1.fq.gz --h2 sample_HiC_2.fq.gz Hifi.fastq.gz 2>...
git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm cd hifiasm && make 记得添加环境变量就可以直接调用了。 2.使用(有多种模式可选择,提供三种常用模式) 1)在只有PicBio HiFi数据的情况下,也是最简单的 # Assemble inbred/homozygous genomes (-l0 disables duplication purging) hifiasm -o CHM13.asm -t32 -...
git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm cd hifisam && make conda(推荐) conda install -c bioconda hifiasm Usages Notes no need polish 无需合并多个输入文件 绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4 HiFi only 无需额外的数据类型组装 HiFi reads hifiasm -o...
git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm cd hifisam && make conda(推荐) conda install -c bioconda hifiasm Usages Notes no need polish 无需合并多个输入文件 绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4 HiFi only 无需额外的数据类型组装 HiFi reads hifiasm -o NA...
gitclonehttps://github.com/chhylp123/hifiasmcdhifisam && make conda(推荐) conda install -c bioconda hifiasm Usages Notes no need polish 无需合并多个输入文件 绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4 HiFi only ...
用得非常之多的一款组装软件。安装容易,使用简便,默认参数跑就完事。hifiasm 拼接快速,更好应对重复片段,产生组装集质量高。 基于Hi-C可以产生单倍型分辨率的组装集。 hifiasm组装后不需要polish,简化了组装流程,大大节省了时间。 一、安装 gitclonehttps://github.com/chhylp123/hifiasmcdhifiasm && make ...
wget https://github.com/chhylp123/hifiasm/releases/download/v0.7/chr11-2M.fa.gz 2.运行程序; hifiasm使用时根据已有的数据分为三种模式:2.1.只有HiFi数据(基本)模式;2.2.有Hi-C数据的Hi-C模式;2.3.有双亲二代测序的Trio-binning模式。 2.1# Run on test data,基本模式, ...
GitHub地址:https://github.com/chhylp123/hifiasm 官方教程:https://hifiasm.readthedocs.io/en/latest/index.html 洲更学长的笔记:https://xuzhougeng.top/archives/assemble-hifi-pacbio-with-hifiasm 软件安装 hifiasm的安装也非常简单,conda一条命令就可以了 ...
git clone https://github.com/lh3/yak cd yak && make # bioncda conda install -c bioconda yak # 运行组装 yak count -b37 -t16 -o pat.yak <(cat paternal_1.fq.gz paternal_2.fq.gz) <(cat paternal_1.fq.gz paternal_2.fq.gz) ...
git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm cd hifisam && make conda(推荐) 代码语言:javascript 复制 conda install -c bioconda hifiasm Usages Notes no need polish 无需合并多个输入文件 绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4 HiFi only 无需额外的数据类型组装...