诺禾致源积累了大量以HiFi数据进行组装的项目经验,同时也针对泛基因组、单体型基因组、基因组近完成图等分析制定了不同的策略。 1.泛基因组(多个个体组装):30X HiFi + 100X Hic + 50X Illumina 2.单体型基因组:60X HiFi + 100X Hic + 50X Illumina...
贝瑞基因在基因组研究领域深耕多年,积累了丰富的超大基因组项目经验。贝瑞基因通过大量的实践经验及文献梳理制定了超大基因组测序策略。执行超大基因组样本PacBio HiFi测序300+ Cell,平均产出为93.17 G,平均读长为16,215bp,平均质量值为Q32.5。完成100+个超大基因组的高质量基因组组装。 表2 贝瑞基因超大基因组测序策...
与原核生物相比，真核生物基因组的binning相关计算更大，更大的基因组、内含子的存在和染色体间的组成差异，是真核 MAGs 准确矫正的重要障碍。二、实验设计将PacBio CCS HiFi 测序应用于14个海洋水柱样本，并将结果与相应环境 DNA 样本的二代宏基因组的结果进行比较。三、实验结果1、二代和三代测序结果与组装每个...
近日,美国加州大学和国家人类基因组研究所等单位组装出人完整X染色体的研究成果在《Nature》发表,其中HiFi Reads在重复序列的准确组装中功不可没。其实,自2018年10月PacBio公司发布高保真单分子长读长测序(HiF…
首先整合了使用可培养和不可培养获得的海洋微生物基因组，建立系统发育学和基因功能数据库。通过挖掘数据库，发现了一系列不同的生物合成基因簇 (BGCs)，其中大多数来自尚未表征的基因簇家族 (GCFs)。进一步确定了一个未知的细菌家族。选择基于核糖体合成和翻译后修饰肽(RiPP)通路进行实验验证。图 分析流程 03研究结果...
2019年以PacBio HiFi测序为代表的高精度长读长测序的出现彻底改变了基因组序列组装领域。长读长测序技术（Long-Read Sequencing，LRS）可以产生长度≥10kb的连续序列。利用三代测序，科学家们首次完成了一个人类基因组从端粒到端粒（T2T）水平的组装。预计在未来几年内，越来越多的物种将得到T2T基因组。所以不少科学...
研究人员通过图位克隆、PacBio HiFi基因组测序、诱变和转化相结合,从野生二粒小麦(WEW)中分离出编码跨膜结构域串联激酶(WTK7-TM)的广谱白粉病抗性基因Pm36。 小麦白粉病 小麦白粉病是由禾本科布氏白粉菌小麦专化型(Blumeria graminis f. sp. Tritici, Bgt)引起的流行性真菌病害,是过去几十年来造成粮食产量和质量急...
「数码电台」HiFi基因传承,JBL L100 CLASSIC黑金版全能经典音响,搭配SA750轻评测重体验釟音盒 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多 2.8万 16 01:59 App JBL音箱 L100 ,靓声代表作,听过此箱的烧友都会深深爱上她 Jbl的木质箱体发烧起来不比其他品牌的效果差。 9567 1 02:47 App 说一下为什么...
基于hifi数据的基因组组装流程主要包括以下步骤: 1.数据准备:选择三代Pacbio的HIFI数据作为组装工作数据,将bam数据转化成fq数据,可以使用samtools或bedtools进行转换。 2. hifiasm运行组装基因组:参数选择可参考知乎作者强强学生信。 3.剪裁scaffolds:基于组装的scaffold,通过Hi-C数据,每个unplaced contig被分配到互作最强...
1.HiFi reads可以组装出较长的contigs十二指肠、空肠、回肠、盲肠和结肠的HiFi reads如下表所示(表1)。HiFi reads的N50长度为17 kb左右。5个肠段初步组装的contig N50大小均在28kb以上。相比之下，短读长宏基因组的N50大小通常小于10 kb，这表明HiFi reads在contig连续性方面有实质性的改进。此外，覆盖深度与单...