代码语言:javascript 复制 python \ HiCPlotter.py \-f matrix.txt \-tri1\-bed bin.bed \-chr chr7 \-o Example \-r40000\-n hES -tri 1声明输入的交互矩阵的格式是HiC-Pro的输出格式,-bed指定bin编号对应的染色质位置文件,其他参数和基本用法相同。 该软件支持同时可视化多个交互矩阵,用法如下 代码语言:...
python \ HiCPlotter.py \ -f matrix.txt \ -tri 1 \ -bed bin.bed \ -chr chr7 \ -o Example \ -r 40000 \ -n hES 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. -tri 1声明输入的交互矩阵的格式是HiC-Pro的输出格式,-bed指定bin编号对应的染色...
-tri 1声明输入的交互矩阵的格式是HiC-Pro的输出格式,-bed指定bin编号对应的染色质位置文件,其他参数和基本用法相同。 该软件支持同时可视化多个交互矩阵,用法如下 python \HiCPlotter.py \-f matrix1.txt matrix2.txt matrix3.txt \-n name1 name2 name3 \-chrchr6 \-r40000\-o example AI代码助手复制代码...
HiC-Pro可以输出各个尺度的HiC标准化互作图谱,从每个窗口5Kb到1Mb,当然窗口越大,所生成的互作关系越少,计算时间就越少,反之则越多。同时HiC-Pro能与下游的可视化软件HiCPlotter等兼容,输出文件可以直接用于可视化分析。 二、HiC-Pro 原理 HiC-Pro的比对mapping的原理如下图所示,我们拿到了Hi-C的测序数据,HiC-Pro设...
-tri 1声明输入的交互矩阵的格式是HiC-Pro的输出格式,-bed指定bin编号对应的染色质位置文件,其他参数和基本用法相同。 该软件支持同时可视化多个交互矩阵,用法如下 python \ HiCPlotter.py \ -f matrix1.txt matrix2.txt matrix3.txt \ -n name1 name2 name3 \ ...
-tri 1声明输入的交互矩阵的格式是HiC-Pro的输出格式,-bed指定bin编号对应的染色质位置文件,其他参数和基本用法相同。 该软件支持同时可视化多个交互矩阵,用法如下 python \ HiCPlotter.py \ -f matrix1.txt matrix2.txt matrix3.txt \ -n name1 name2 name3 \ ...
-tri 1声明输入的交互矩阵的格式是HiC-Pro的输出格式,-bed指定bin编号对应的染色质位置文件,其他参数和基本用法相同。 该软件支持同时可视化多个交互矩阵,用法如下 python \ HiCPlotter.py \ -f matrix1.txt matrix2.txt matrix3.txt \ -n name1 name2 name3 \ ...