解锁基因组奥秘:顶尖Hi-C数据可视化工具大揭秘! #生信分析 析#论文发表 #生物信息学 #数据可视化 - 生信人于20241010发布在抖音,已经收获了4.0万个喜欢,来抖音,记录美好生活!
通过简单的操作就可以查看和展示Hi-C图谱了,除了这些基本功能外,还支持导入注释文件,通过View->Show Annotation Panel可以打开注释文件面板,注释信息分为1D和2D的两种,1D的主要指的是chip_seq,RNA_seq等信息,2D指的是TAD,染色质环等信息,通过Load ENCODE可以导入ENCODE数据库中的一维注释,示意如下 勾选需要导入的注...
tracks参数指定配置文件的名称,region参数指定需要可视化的基因组区域,outFileName参数指定输出文件的名称。为了达到美观的效果,有许多的参数需要调整,更多细节请参考官方文档和示例。 一个hi-c数据可视化的效果图如下 通过该软件,可以高效的展示hi-c数据。
可视化多组学数据并使用交互式浏览器进行直观分析成为一种强大且流行的方式。近日,《Briefings in Bioinformatics》发表了一个有效的序列和染色质相互作用数据显示浏览器——HiBrowser,用于可视化和分析Hi-C数据及其相关的遗传和表观遗传注释。 HiBrowser是什么? HiBrowser是一种新型显示浏览器,用于可视化(公开或用户自己的...
幸运的是,Juicebox:Hi-C数据可视化利器应运而生,以其卓越的性能和丰富的功能,成为了众多研究者的得力助手。 一、Juicebox:Hi-C——Hi-C数据的可视化专家 Juicebox:Hi-C是一款专为Hi-C数据设计的可视化工具,它以其直观、灵活和可扩展的特性,赢得了广大研究者的青睐。无论是BED、TSV还是CSV等格式的数据,Juicebox...
gcMapExplorer:专为Hi-C数据可视化和分析设计的Linux软件,功能强大,操作简单。 HiCExplorer:处理、分析和可视化Hi-C和cHi-C数据,效率高,结果准确。 Juicebox:这个Linux软件专注于Hi-C实验的可视化,界面友好,使用方便。 其他工具 🛠️ CIRCHIC:环形可视化Hi-C数据和整合基因组数据,特别适合那些需要全局视角的朋友们...
HiCPlotter:Hi-C数据可视化工具 HiCPlotter是一款命令行工具,用来展示Hi-C的交互矩阵。除了基本的用热图展示交互矩阵外,还支持添加基因结构,chip_seq等二维数据的注释信息,网址如下 https://github.com/kcakdemir/HiCPlotter 对于交互矩阵,支持多种格式 1. 通用格式...
Convergent CTCF:CTCF为重要的转录因子,主要结合DNA为简并碱基CTCF区域。C(收敛)型的CTCF可以通过对染色质DNA的“夹合”维持染色质的高级结构。 结论:人类基因组Hi-C数据的四套数据集的比较分析;Hi-C的数据可视化主要是通过矩阵模式表示,色深的像素点为互联区,通过色块比对可定位Oridinary结构域,Loop结构域等功能区...
Juicebox:Hi-C数据可视化利器 欢迎关注”生信修炼手册”! Juicer软件运行之后会得到后缀为hic的结果文件,该文件可以导入到juicebox这个工具中进行可视化。该工具是一款图形界面工具,可以方便的查看和展示Hi-C图谱,从以下链接可以下载该软件 https://github.com/aidenlab/juicebox/wiki/Download...