Hi-C(高通量染色体构象捕获)技术是一种用于研究染色质在三维空间中的组织方式的实验方法。通过Hi-C数据,我们可以分析染色质互作区域(Chromatin Interaction Regions),这些区域指的是在细胞核中空间上相互靠近的染色质区域,它们可能在调控基因表达中起着重要作用。 下面就给大家介绍一个在R中,使用Hi-C数据集差异分析染...
一、介绍 Hi-C技术源于基因组捕获技术(Chromosome conformation capture,3C),是分析染色质三维空间结构的一种测序方法,用于研究三维基因组。 什么是三维基因组? 白墨:一文读懂三维基因组(图文详解)331 赞同 · 15 评论文章 用途: 量化在三维空间中基因组的染色质间交联(cross-linked chromatin ) 解析全基因组互作模...
染色质交联。 用甲醛等化学交联剂处理细胞,使空间上相互靠近的染色质片段(包括DNA与蛋白质、蛋白质与蛋白质以及DNA与DNA之间)发生共价交联,固定染色质的三维结构,将原本可能短暂或远距离的相互作用稳定下来 。 酶切消化。 使用限制性内切酶(如 HindIII 、MboI等)对交联后的染色质进行酶切,将DNA切成许多片段。这些...
Hi-C 技术源于基因组捕获技术(Chromosome conformation capture,3C),用于分析染色质三维空间结构的一种测序方法。1 关于什么是三维基因组,可以参考:一文读懂三维基因组 用途: 量化在三维空间中基因组的染色质间交联(cross-linked chromatin) 解析全基因组互作模式,如启动子和增强子互作 ...
Hi-C技术是源于基因组捕获技术(Chromosome conformation capture,3C),用来分析染色质三维空间结构的一种测序方法,主要是研究生物的3D基因组。自从2009年Hi-C技术首次被提出后,3D基因组的研究迎来了爆炸式的发展,相关的论文发表量增长了约6倍,可见其火爆。
🔍 探索染色质DNA在细胞核中的奥秘,Hi-C测序技术应运而生。这项技术以整个细胞核为研究对象,通过高通量测序与生物信息学的结合,揭示全基因组范围内染色质DNA的空间位置关系。🔬 Hi-C技术源于染色体构象捕获(Chromosome Conformation Capture—3C),它不仅能够捕获染色质内所有DNA的相互作用模式,还能获得高分辨率的染...
染色质上大型活跃及非活跃区域compatrment；染色质上局部高度有序结构TAD；染色质上点对点的显著互作loops；染色质的空间3D模型；如图6是新月柄杆菌10kb的基因组互作热图[4]。从图中我们可以看到新月柄杆菌环状基因组的两个臂间空间上相互靠拢，具体体现为heatmap上副对角线上互作强度较高使互作热图呈现X型。同时，...
Hi-C最初是一种低分辨率、高噪声技术,构建100Mb大小的Hi-C库需要几天的时间,另外数据的输出和再现性都很低。然而,Hi-C数据为染色质构象以及基因组结构提供了新的见解,这些应用前景促使科学家在过去十年中持续努力改进这项技术。 在2012年至2015年期间,Hi-C方案进行了几次修改,如采用4-cutter分解或采用更深的...
3C及其一系列衍生技术,特别是Hi-C,为染色质3D结构研究提供了强大的工具,从而可以更清晰地观察染色体的空间构象,达到对染色体功能和基因表达调节的新认识,同时对染色体在细胞发育和疾病发生过程中的分子机制也能得到新的理解。 Hi-C的成就:更清晰的染色体结构 ...