Hi-C(高通量染色体构象捕获)技术是一种用于研究染色质在三维空间中的组织方式的实验方法。通过Hi-C数据,我们可以分析染色质互作区域(Chromatin Interaction Regions),这些区域指的是在细胞核中空间上相互靠近的染色质区域,它们可能在调控基因表达中起着重要作用。 下面就给大家介绍一个在R中,使用Hi-C数据集差异分析染...
Hi-C最初是一种低分辨率、高噪声技术,构建100Mb大小的Hi-C库需要几天的时间,另外数据的输出和再现性都很低。然而,Hi-C数据为染色质构象以及基因组结构提供了新的见解,这些应用前景促使科学家在过去十年中持续努力改进这项技术。 在2012年至2015年期间,Hi-C方案进行了几次修改,如采用4-cutter分解或采用更深的...
一、介绍 Hi-C技术源于基因组捕获技术(Chromosome conformation capture,3C),是分析染色质三维空间结构的一种测序方法,用于研究三维基因组。 什么是三维基因组? 用途: 量化在三维空间中基因组的染色质间交联(cross-linked chromatin ) 解析全基因组互作模式,如启动子和增强子互作 构建三维空间结构模型,如研究基因组三维...
Hi-C 技术源于基因组捕获技术(Chromosome conformation capture,3C),用于分析染色质三维空间结构的一种测序方法。1 关于什么是三维基因组,可以参考:一文读懂三维基因组 用途: 量化在三维空间中基因组的染色质间交联(cross-linked chromatin) 解析全基因组互作模式,如启动子和增强子互作 构建三维空间结构模型,如研究基因...
Hi-C技术在基因组组装与植物研究中的应用与魔力 自2009年Lieberman-Aiden首次提出Hi-C技术以来，这一方法已逐渐成为染色质互作、基因表达调控、基因组辅助组装及三维基因组研究中的不可或缺的工具。在过去的十年间，以Hi-C为关键词在NCBI上搜索到的SCI文献已超过1170篇，且增长趋势显著（见图1）。特别在基因组组装...
染色质交联。 用甲醛等化学交联剂处理细胞,使空间上相互靠近的染色质片段(包括DNA与蛋白质、蛋白质与蛋白质以及DNA与DNA之间)发生共价交联,固定染色质的三维结构,将原本可能短暂或远距离的相互作用稳定下来 。 酶切消化。 使用限制性内切酶(如 HindIII 、MboI等)对交联后的染色质进行酶切,将DNA切成许多片段。这些...
染色质上大型的活跃及非活跃区域compatrment；染色质上局部高度有序的拓扑相关结构域TAD；染色质上点对点的显著互作loops；染色质的空间3D模型；如图4是新月柄杆菌10kb的基因组互作热图，可以看出新月柄杆菌环状基因组的两个臂间在空间上相互靠拢，具体体现为heatmap上副对角线上互作强度较高使互作热图呈现X型。同时，...
3C及其一系列衍生技术,特别是Hi-C,为染色质3D结构研究提供了强大的工具,从而可以更清晰地观察染色体的空间构象,达到对染色体功能和基因表达调节的新认识,同时对染色体在细胞发育和疾病发生过程中的分子机制也能得到新的理解。 Hi-C的成就:更清晰的染色体结构 ...
作者使用Hi-C检测黑腹果蝇中剂量补偿的chrX的3D染色质结构，首先证明剂量补偿的chrX参与了更多的中距离和远距离接触；其次，雄性和雌性结构域差异主要位于chrX上，并且结构域边界处绝缘减弱与DC机制有关。这些边界还与绝缘体（BEAF-32、CP190或Chromator）相关，它们参与了性染色体的远程交互。已知DCC辅助因子CLAMP是通过...
Promoter Capture Hi-C:研究启动子区染色质互作的利器 Hi-C文库一次可以获取全基因组范围内互作的染色质片段,可以从全基因组的高度来研究染色质的空间结构特征。在Hi-C图谱中,染色质互作频率通过两个bin之间junction reads的数量来表示,和测序深度的概念类似,只有达到一定量的测序深度时才能够认为其代表的染色质互作...