Hi-C(高通量染色体构象捕获)技术是一种用于研究染色质在三维空间中的组织方式的实验方法。通过Hi-C数据,我们可以分析染色质互作区域(Chromatin Interaction Regions),这些区域指的是在细胞核中空间上相互靠近的染色质区域,它们可能在调控基因表达中起着重要作用。 下面就给大家介绍一个在R中,使用Hi-C数据集差异分析染...
在此过程中,染色质状态、开放性或者可及性会产生变化,进而影响一系列调控因子或元件与开放染色质区域的结合状态(与ATAC-seq互相验证);与此同时,TAD边界也发生一定程度的改变,随之而来的相关组蛋白修饰或调控因子水平的变化也会反过来影响染色质松散程度和开放性(可结合CUT&TAG测序组学研究组...
当生物体生命活动/生理状态发生变化时(通常在表观显现,“由表及里”),常常伴随染色质区室B to A/A to B的转换,在此过程中,染色质状态、开放性或者可及性会产生变化,进而影响一系列调控因子或元件与开放染色质区域的结合状态(与ATAC-seq互相验证);与此同时,TAD边界也发生一定程度的改变,随之而来的相关组蛋白...
一、技术原理 Hi-C是染色质区域捕获(Chromosome conformation capture)与高通量测序(High-throughput sequencing)相...
3C及其一系列衍生技术,特别是Hi-C,为染色质3D结构研究提供了强大的工具,从而可以更清晰地观察染色体的空间构象,达到对染色体功能和基因表达调节的新认识,同时对染色体在细胞发育和疾病发生过程中的分子机制也能得到新的理解。 Hi-C的成就:更清晰的染色体结构 ...
Hi-C技术源于染色体构象捕获(Chromosome Conformation Capture, 3C)技术,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质三维结构信息。Hi-C技术不仅可以研究染色体片段之间的相互作用,建立基因组折叠模型,还可以应用于基因组组装、单体型图谱构建、辅助宏...
染色质环(loop) DNA在CTCF等蛋白质的介导下形成远距离互作,这种结构通常称为loop结构。通过Hi-C可以检测到线性距离很远而空间距离被拉至很近的DNA片段,即peak位点,它们之间的交互频率往往高于线性上相邻的片段,以peak位点来确定loop位置。 同样loop结构在不同...
第一步还是用甲醛使细胞内空间上靠近的DNA片段形成共价键;然后用限制性内切酶将染色质片段化;第三步用生物酰化的核酸分子链接酶切形成的粘性末端,链接过程需要在稀释的溶液中进行,有助于形成分子内链接;第四步纯化并片段化DNA,用链霉亲和素的磁珠富集含生物酰化的junction片段;最后,对收集到的junction片段进行建库并...
Hi-C(High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Seq、ChIP-Seq等数据进行联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状...