Hi-C(High-through chromosome conformation capture)技术源于染色体构象捕获(Chromosome conformation capture, 3C)技术,以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,通过对染色质内全部DNA相互作用模式进行捕获,获得高分辨率的染色质三维结构信息。
单细胞Hi-C(scHi-C)测序技术被用于单个类型细胞中研究染色质结构,是研究组织中异质性细胞的有力工具。但目前仍缺乏从scHi-C数据中以高分辨率分析染色质环的工具,因此研究团队开发出一种名为SnapHiC的计算方法。这是一种为scHi-C数...
总之,CTCF的急性耗竭改变了染色质相互作用和可及性,需要进一步的研究来更好地理解CTCF的耗竭如何导致蛋白质和翻译后修饰的巨大变化。 4 总结 通过ATAC-seq、RNA-seq、Hi-C、Cut&Run、CRISPR-Cas9 TF文库筛选,和基于MS的深度蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学数据的系统整合,揭示了许多CTCF的协同调控因子,极大地拓宽了...
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SnapHiC算法首先利用重启随机游走算法(random walk with restart, RWR)对每个单细胞的染色质相互接触图谱进行补全,由此来推测染色体上任意两个位点之间的接触概率。之后SnapHiC通过配对t-检验鉴定出相互接触概率显著高于预期的位点对,作为候选的染色质环结构。为了尽可能地降低假阳性的比例,SnapHiC要求由候选的染色质环所...
张乙,钱伯斯KJ,Leprince D,输家的DV,2009年的染色质重塑复合物的要求,在新的肿瘤抑制HIC1 -介导的转录抑制和生长控制。癌基因28:651-661 翻译结果2复制译文编辑译文朗读译文返回顶部 张B,寝室千焦耳,Leprince D,法勒王S 2009去复杂的改塑chromatin的要求,DV在小说瘤HIC1调停transcriptional 镇压和发展控制的消除器...
Hi-C(High-through chromosome conformation capture)技术源于染色体构象捕获(Chromosome conformation capture, 3C)技术,以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,通过对染色质内全部DNA相互作用模式进行捕获,获得高分辨率的染色质三维结构信息。
而其中ATAC-seq技术是继FAIRE-seq、MNase-seq、DNase-seq目前最火热的研究染色质开放性的新技术,自2013年后,文章的发表量逐年攀升。百迈客已做好承接各种组织类、细胞类样本的HiC互作和ATAC-seq的准备,成功案例和项目经验还缺您的一把火,年底大促销等您快快来咨询哦!
单细胞Hi-C(scHi-C)测序技术被用于单个类型细胞中研究染色质结构,是研究组织中异质性细胞的有力工具。但目前仍缺乏从scHi-C数据中以高分辨率分析染色质环的工具,因此研究团队开发出一种名为SnapHiC的计算方法。这是一种为scHi-C数据定制的计算方法,可从少量单细胞中以高分辨率和高准确度识别染色质环。