作者在Hi-C数据中发现高脂质饮食的肝脏中34,982个显着的染色质互作,以及高碳水化合物饮食中37,185个显着的染色质互作,分别有28,682和30,502个染色质相互作用与基因启动子(TSS +/- 2 kb)重叠。为获得肝脏中启动子锚定的染色质互作及其在适应肥胖后的变化的高分辨率视图,作者进行了启动子捕获Hi-C(PCHi-C)(...
总之,CTCF的急性耗竭改变了染色质相互作用和可及性,需要进一步的研究来更好地理解CTCF的耗竭如何导致蛋白质和翻译后修饰的巨大变化。 4 总结 通过ATAC-seq、RNA-seq、Hi-C、Cut&Run、CRISPR-Cas9 TF文库筛选,和基于MS的深度蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学数据的系统整合,揭示了许多CTCF的协同调控因子,极大地拓宽了...
研究团队设计的SnapHiC算法可以从少量细胞的scHi-C数据集中以高分辨率和高准确度识别染色质环。对来自mES细胞的已发布scHi-C数据的重新分析表明,SnapHiC极大地提高了对染色质环的检测能力。将SnapHiC应用于来自人类前额叶皮层细胞的sn-m3C-seq数据,揭示了细胞类型特异性染色质环,可用于预测非编码SNP的靶基因。SnapHiC...
染色质高级结构是基因转录调节的重要因素,染色质多重相互作用是高级结构中的一种,是多个(≥3)染色质片段在空间上相互接触而形成的紧凑结构.为了解染色质多重相互作用这类高级结构的特征及其在干细胞中分化中起到的作用,通过对Hi?C数据进行相关分析并计算基因的FPKM表达量,研究了染色质多重相互作用.分析发现:多重...
SnapHiC算法首先利用重启随机游走算法(random walk with restart, RWR)对每个单细胞的染色质相互接触图谱进行补全,由此来推测染色体上任意两个位点之间的接触概率。之后SnapHiC通过配对t-检验鉴定出相互接触概率显著高于预期的位点对,作为候选的染色质环结构。为了尽可能地降低假阳性的比例,SnapHiC要求由候选的染色质环所...
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一是他们的方法可以同时检测甲基化和染色质结构,而以往的研究都是分开进行的; 二是可以在单细胞水平上实现,据说单细胞的Hi-C目前挑战都很大,但是他们的methyl-HiC却可以实现在单细胞水平上同时观测甲基化和染色质高级结构的变化。 此外他们提供了对应的分析方法Bhmem以及所有分析的源代码:https://bitbucket.org/dnaa...
Faller DV, Wang S 2009 Requirement for chromatin-remodeling complex in novel tumor suppressor HIC1-mediated transcriptional repression and growth control. Oncogene 28:651–661 张B,房间KJ, Leprince D, Faller DV,染色质改造复合体的Wang S 2009年要求在新颖的肿瘤遏抑器HIC1斡旋的transcriptional抑制和成长...
作者采用饮食诱导肥胖的C57BL / 6J小鼠模型,在这些小鼠的肝脏组织上进行了Hi-C和PCHi-C,结合ChIP-seq和RNA-seq,以研究饮食诱发肥胖过程中启动子锚定的染色质互作动力学。结果1、慢性肥胖致肝脏转录组重编作者对雄性C57BL / 6小鼠进行了饮食研究,五周大的小鼠适应普通饮食(NIH-31),随后(每组5只小鼠)接受高...
而其中ATAC-seq技术是继FAIRE-seq、MNase-seq、DNase-seq目前最火热的研究染色质开放性的新技术,自2013年后,文章的发表量逐年攀升。百迈客已做好承接各种组织类、细胞类样本的HiC互作和ATAC-seq的准备,成功案例和项目经验还缺您的一把火,年底大促销等您快快来咨询哦!