PDB文件中ATOM行记录的是标准氨基酸和核酸的结构坐标,而HETATM记录的是其他类型原子的结构坐标,但是Amber、Gromacs等导出的PDB文件小分子均是ATOM行。将此类文件导入pymol导致小分子信息读取错误,如苯环显示为六元饱和环,但是环上的氢原子数目又不正确。所以这里我分享一个小pymol脚本来修正此类PDB文件。 代码及使用 im...
英文在PDB file 中的说明：The HETATM records present the atomic coordinate records for atoms within "non-standard" groups. These records are used for water molecules and atoms presented in HET groups.参考资料：http://www.bmsc.washington.edu/CrystaLinks/man/pdb/guide2.2_frame.html ...
英文在PDB file 中的说明：The HETATM records present the atomic coordinate records for atoms within "non-standard" groups. These records are used for water molecules and atoms presented in HET groups. PS:PDB数据库原子坐标记录格式一 标题部分1 HEADER(分子类，公布日期、ID号)2 OBSLTE (...
近来要做耗散动力学，输入的pdb要转化才行，使用vmd转化后，已经变为atom了，不过和我见过的其他pdb不...
首先要考虑清楚你的pdb文件的来源，大多蛋白结构来自晶体结晶的衍射，结晶环境中的有机溶剂分子，结晶水...
网络非标准基团原子坐标;非标准集团原子坐标 网络释义
英文在PDB file 中的说明：The HETATM records present the atomic coordinate records for atoms within "non-standard" groups. These records are used for water molecules and atoms presented in HET groups. PS:PDB数据库原子坐标记录格式一 标题部分1 HEADER(分子类，公布日期、ID号)2 OBSLTE (...