HETATM: 非标准残基的原子. 记述非标准残基(标准氨基酸以及核酸以外的化合物, 包括抑制剂, 辅因子, 离子, 溶剂)中各原子的原子名称, 残基名称, 直角坐标(单位埃), 占有率, 温度因子等信息. 与ATOM记录的唯一区别在于HETATM残基默认情况下不会与其他残基相连. 注意, 水分子也应放在此记录中. ENDMDL: 亚基结束....
SCALEn(n = 1, 2, 3) (NMR除外) 该记录介绍数据中直角坐标向部分晶体学坐标的转换。 ATOM 该记录记述了标准氨基酸以及核酸的原子名,残基名,直角坐标,占有率,温度因子等信息。 HETATM 该记录记述了标准氨基酸以及核酸以外的化合物的原子名,残基名,直角坐标,占有率,温度因子等信息。 TER 该记录表示链的末端。在...
MODEL: 表示多模型中的一个模型,通常用于NMR结构。 ATOM: 记录每个原子的详细信息,包括元素类型、坐标和温度因子等。 CONNECT: 记录原子间的共价键连接。 HETATM: 与ATOM类似,但用于记录非标准残基的原子。 ANISOU: 各向异性位移参数。 SIGMA: 标准偏差信息。 END: 文件结束标志。 示例分析 为了更好地理解PDB文件...
PDB 文件由多行文本组成,每行前缀定义了该行的内容类型。最常见的是以 “ATOM” 或“HETATM” 开头的行,这些行代表蛋白质结构中原子的坐标信息。此外,PDB 文件还包含其他类型的记录,如“SEQRES”(氨基酸序列信息)。 使用Python 解析 PDB 文件 我们可以使用 Python 的基本字符串处理功能轻松解析 PDB 文件。以下是...
一些老的PDB文件可能不完全遵循新格式. 对大多数用户而言, 最值得注意的区别在于ATOM和HETATM记录中的温度因子字段. 下文的例子中没有使用这些字段. 此外, 有些字段常常留空, 例如, 如当原子没有可替换位置时, 可替位置标识符就会留空. ATOM记录 PDB文件 ATOM 记录 ...
ATOM行包含了蛋白质的原子坐标信息。每个ATOM行都包含了原子序号、原子名称、残基名称、链ID、残基序号、X、Y、Z坐标、原子温度因子和元素符号等信息。 2.3. HETATM HETATM行包含了非标准氨基酸、小分子或其他非蛋白质分子的原子坐标信息。它的格式与ATOM行相同。 2.4. TER TER行表示一个链的结束。 2.5. SEQRES ...
2.ATOM: 标准基团的原子坐标 该记录记述了标准氨基酸以及核酸的原子名, 残基名, 直角坐标, 占有率, 温度因子等信息. 3.SIGATM: 标准差 4.ANISOU: 温度因子 5.SIGUIJ: 各种温度因素导致的标准差 6.TER: 链末端 该记录表示链的末端,在每个聚合链的末端都必须有TER记录...
PDB文件的结构主要分为两部分:Header(头部)和主结构(主链与配体的原子坐标)。Header部分记录了文件的元数据信息,如结构的标题、解析方法、解析分辨率、作者信息等;而主结构部分则记录了蛋白质、核酸或其他大分子的原子坐标信息,主要包括ATOM和HETATM两类条目。
HETATM记录描述了组成非标准氨基酸残基的元素(非标准氨基酸残基名称已在HET记录中给出定义)的空间位置坐标。它的记录方式与ATOM记录一致。TER记录标记出ATOM记录的终止位。MASTER记录是对以上各记录的总结。下例中所列数字分别代表了记录REMARK、“0”、HET、HELIX、SHEET、TURN、SITE、坐标变换、原子记录、TER、CONECT、...