import pymol from pymol import cmd import os import sys work_path = sys.argv[1] os.chdir(work_path) pdb_list = os.listdir() for pdb in pdb_list: cmd.delete('all') cmd.load(pdb) org_name = set([a.resn for a in cmd.get_model('org. or resn LIG+MOL').atom]) #print(org...
首先，HETATM和ATOM都是正确的pdb格式，NAMD和VMD都认的；其次，楼主可以在vmd里面重新写一次pdb，具体如...
残基间化学键) 3 HYDBND(氢键) 4 SLTBRG(盐桥) 5 CISPEP(顺式残基)六 晶胞特征及坐标变换 1 CRYST1(晶胞参数) 2 ORIGXn(直角－PDB坐标) 3 SCALEn(直角－部分结晶学坐标) 4 MTRIXn(非晶相对称) 5 TVECT(转换因子)七 坐标部分 1 MODEL(多亚基时示亚基号) 2 ATOM(标准基团的原子坐标) 3...
残基间化学键) 3 HYDBND(氢键) 4 SLTBRG(盐桥) 5 CISPEP(顺式残基)六 晶胞特征及坐标变换 1 CRYST1(晶胞参数) 2 ORIGXn(直角－PDB坐标) 3 SCALEn(直角－部分结晶学坐标) 4 MTRIXn(非晶相对称) 5 TVECT(转换因子)七 坐标部分 1 MODEL(多亚基时示亚基号) 2 ATOM(标准基团的原子坐标) 3...