Theimage()function is very handful for quick plot. However, with ggplot2 we can obtain much nicer results. So let's check how to do it. First, we need three packages. If you do not have them then you need to installggplot2,RColorBrewerandreshape2. Then you can call: # Import packa...
plot_ly(z = data, colorscale = "Greys", type = "heatmap") 这里要特别注意的是,plotly包会把图显示在RStudio的“viewer”窗口,而不是在“plot”窗口。 plotly包的基本函数 在plotly包中,主要的绘图函数有三个: plot_ly():用来绘制基础图形。 add_trace():用来在已有图形上添加新图形。add_xxx()函数...
legend_gp = gpar(col = 4:5, lty = 1:2)), Legend(labels = c("group1", "group2"), title = "km", type = "boxplot", legend_gp = gpar(fill = 2:3)) ) draw(ht_list, ht_gap = unit(7, "mm"), row_km = 2, annotation_legend_list = lgd_list) 1. 2. 3. 4. 5. 6...
因此如果需要可以利用aplot包进一步拼图: p3 %>% insert_right(p,width = 0.1) 如果想进行部分子图的额外细调,比如列分组注释图例的字体(比较绕),就可以像之前介绍生存曲线重新组合时一样,给单个“插槽”内的子图添加额外的theme R语言画图 | 生存曲线拼图 p3$plotlist[[1]] <- p3$plotlist[[1]] + them...
R.package heatmap():用于绘制简单热图的函数 heatmap.2():绘制增强热图的函数 首先使用ggplot2画简单热图 代码语言:javascript 复制 data<-as.data.frame(matrix(rnorm(9*10),9,10))rownames(data)<-paste("Gene",1:9,sep="_")colnames(data)<-paste("sample",1:10,sep="_")library(reshape2)librar...
一 载入R包 数据 1.1 载入ComplexHeatmap包,数据 为更贴近生信使用场景,直接使用内置的基因表达数据 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 library(ComplexHeatmap)expr=readRDS(paste0(system.file(package="ComplexHeatmap"),"/extdata/gene_expression.rds"))#查看数据str(expr)expr[1:...
8. UpSet plot 9. 其他高阶图形 10. 和其他R包交互 11. 交互式热图 12. 更多例子 第二章 单个热图 单个热图是最常见的可视化图形,虽然ComplexHeatmap包的闪光点是可以同时绘制多个热图,但是作为基本图形,对单个热图的绘制也是很重要的。 首先随机生成一个矩阵 set.seed(123) nr1 = 4; nr2 = 8; nr3 ...
expression that will be evaluated after the call to image. Can be used to add components to the plot.# 在调用image之后将计算的表达式。可用于向绘图添加组件。symm logical indicatingifx should be treated symmetrically;can only be true when x is a square matrix.# 逻辑指示是否对x进行对称处理;只有...
plot(0, 0, type = "n", axes = FALSE, xlim=c(0, Columns), ylim=c(0, Rows), xlab="", ylab= "", asp=1) #创建调色板 #我使用designer.colors在Brewer中允许的最大数量的数值之间插入50种颜色 ColRamp <- rev(designer.colors(n=50, col=brewer.pal(9, "Spectral") ) ...
horiz){YLIM<-range(breaks); XLIM<-c(0,1)} if(missing(xlim)) xlim=XLIM if(missing(ylim)) ylim=YLIM plot(1,1,t="n",ylim=ylim, xlim=xlim, xaxt=xaxt, yaxt=yaxt, xaxs="i", yaxs="i", ...) for(i in seq(poly)){ if(horiz){ olygon(poly[[i]], c(0,0,1,1), col=...