本篇使用R的ggplot2包实现从原始数据读入到热图输出的过程,并在教程结束后提供一份封装好的命令行绘图工具,只需要提供矩阵,即可一键绘图。 上一篇讲述了Rstudio的使用作为R写作和编译环境的入门,后面的命令都可以拷贝到Rstudio中运行,或写成一个R脚本,使用Rscript heatmap.r运行。我们还提供了Bash的封装,在不修改R...
corrplot(res2$r, type="upper", p.mat = res2$P, sig.level = 0.05, insig = "blank") 通过colorRampPalette()包可以调用颜色版自定义颜色,接着使用heatmap()包可以根据规定的调色板绘制热图矩阵。 col<- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(100) heatmap(x = res, col = col, sy...
## Gu, Z. Complex heatmaps reveal patterns and correlations in multidimensional ## genomic data. Bioinformatics 2016. ## ## The new InteractiveComplexHeatmap package can directly export static ## complex heatmaps into an interactive Shiny app with zero effort. Have a try! ## ## This mess...
data <- as.matrix(data) coul <- colorRampPalette(colors = c("#4A73EE","white","#F46161"))(100) heatmap(data,scale = "row",col = coul, ColSideColors = rainbow(ncol(data)), #注释列的水平边栏的颜色向量(行也类似)。 main = 'hotplot',xlab = NULL, ylab = "Gene", margins = ...
R 热图绘制heatmap① 代码语言: 运行次数:0 data<-as.data.frame(matrix(rnorm(9*10),9,10))rownames(data)<-paste("Gene",1:9,sep="_"colnamesdata1sep(reshape2(ggplot2)data$ID<-rownames(data)data_m<-melt(data,id.vars=c("ID"))View(data_m)...
rt <- as.matrix(rt) pdf(file=outFile,width=8,height=7) pheatmap(rt, annotation=group, main = "The Pretty Heatmaps by myself",#标题 cluster_cols = T, color = colorRampPalette(c(norcol, "white", concol))(50), show_colnames = T, ...
(mtcars)#导入示例数据x <- as.matrix(mtcars)#gplots要求输入numeric matrix,所以要转化为数量矩阵rc <- rainbow(nrow(x),start=0,end=.3)#用于绘制side bar,给每一个行名赋一种颜色cc <- rainbow(ncol(x),start=0,end=.3)#用于绘制side bar,给每一个列名赋一种颜色hv <- heatmap.2(x,RowSide...
gplots::heatmap.2 pheatmap 1. 矩阵相关性计算方法 base::cor/cor.test R基础函数cor或cor.test都可计算相关性系数,但cor可直接计算矩阵的相关性,而cor.test不可。 两者计算非矩阵时,cor仅得到相关系数,而cor.test还能得到pvalue。 library(ggplot2) ...
# 绘制热图,观察基因表达模式>heatmap(as.matrix(gene_expression_data[,-1]),col=colorRampPalette(c("blue","white","red"))(50),main="Gene Expression Heatmap",xlab="Samples",ylab="Genes",scale="row") 在上述示例中,我们首先将基因注释信息合并到基因表达数据中,然后使用geneplotter包的柱状图、折线...
#代码1require(graphics); require(grDevices)x <- as.matrix(A)rc <- rainbow(nrow(x), start = 0, end = .3)cc <- rainbow(ncol(x), start = 0, end = .3)hv <- heatmap(x, col = cm.colors(256), scale = "column", RowSideColors = rc, ColSideColors = cc, margins = c(5,10...