smorabit fix typo Oct 22, 2024 950b8c7·Oct 22, 2024 History 234 Commits .github R data docs inst man pkgdown/favicon reference/figures tests vignettes .DS_Store DESCRIPTION LICENSE LICENSE.md NAMESPACE NEWS.md README.md _pkgdown.yml ...
hdWGCNA 单细胞数据 • hdWGCNA (smorabit.github.io) 全程用R语言完成,第一步,创建一个文件夹hdwgcna准备运行,下载数据 download.file(url='https://swaruplab.bio.uci.edu/public_data/Zhou_2020.rds', destfile='C:/Users/Administrator/Desktop/hdwgcna/Zhou_2020.rds') 加载数据集和所需库 # single...
hdWGCNA安装 跟着GitHub上代码安装,到devtools那老是遇到报错,下载下来运行还是报错: -bash: syntax error near unexpected token `"hdWGCNA-0.1.1.tar.gz"' 问了chat得到个解决办法: Rscript -e 'devtools::install_local("hdWGCNA-0.1.1.tar.gz")' 贴服务器运行竟然成功了!! 这个命令会在 R 环境下运行 ...
hdWGCNA (high dimensional WGCNA,高纬度WGCNA),用于单细胞RNA-seq或空间转录组学等高维转录组学数据中执行加权基因共表达网络分析。 详情查看:https://smorabit.github.io/hdWGCNA/articles/basic_tutorial.html hdWGCNA包 https://github.com/smorabit/hdWGCNA 下载所需数据 # wget https://swaruplab.bio.uci...
install.packages("BiocManager")# install Bioconductor core packagesBiocManager::install()# install additional packages:install.packages(c("Seurat","WGCNA","igraph","devtools"))devtools::install_github('smorabit/hdWGCNA',ref='dev') 单细胞示例 ...
essentials# activate conda environmentconda activate hdWGCNA# install BiocManagerinstall.packages("BiocManager")# install Bioconductor core packagesBiocManager::install()# install additional packages:install.packages(c("Seurat","WGCNA","igraph","devtools"))devtools::install_github('smorabit/hdWGCNA',ref...
R包安装的5种方式、安装指定版本包及github安装常见报错解决 823 -- 3:32 App 【想学必看】Lasso机器学习算法(非肿瘤/二分类)筛选核心基因及代码 951 -- 4:07 App 【想学必看】KM生存曲线(自动分组选择最小P值)代码及示例数据 4925 1 8:10 App 【想学必看】8种机器学习算法(RF、SVM、GLM、GBM、KNN、...
好久没更了,今天写一下hdWGCNA吧,单细胞和空间转录组都能用到的高级分析。🧐 2用到的包 代码语言:javascript 复制 rm(list=ls())library(Seurat)library(tidyverse)library(cowplot)library(patchwork)library(WGCNA)library(hdWGCNA) 记得设置一下哦。😘 ...
<loc>https://smorabit.github.io/hdWGCNA/reference/ModuleRadarPlot.html</loc> </url> <url> <loc>https://smorabit.github.io/hdWGCNA/reference/ModuleTFNetwork.html</loc> </url> 2 changes: 1 addition & 1 deletion 2 inst/pkgdown.yml Original file line numberDiff line numberDiff line ...
devtools::install_github('smorabit/hdWGCNA', ref='dev') 如果直接按照失败,可能是网络的原因。可以换个时间点挑个网络好的时候安装。也可以通过下载source code,通过运行以下命令安装。 devtools::install_local("hdWGCNA-0.1.1.tar.gz") 当然,如果所有办法都尝试过了,均安装不上,可以通过后台联系我们远程帮...