hdWGCNA是高度模块化的,可以构建跨多尺度细胞和空间层次的共表达网络。hdWGNCA识别互连基因的健壮模块,并通过各种生物学知识来源提供这些模块的背景。hdWGCNA需要将数据格式化为Seurat对象,这是单细胞数据最普遍的格式之一。 软件包优势: hdWGCNA构建高维转录组学数据中的共表达网络 hdWGCNA提供统计、可视化和下游解释工具...
hdWGCNA (high dimensional WGCNA,高纬度WGCNA),用于单细胞RNA-seq或空间转录组学等高维转录组学数据中执行加权基因共表达网络分析。 详情查看:https://smorabit.github.io/hdWGCNA/articles/basic_tutorial.html hdWGCNA包 https://github.com/smorabit/hdWGCNA 下载所需数据 # wget https://swaruplab.bio....
load('hdWGCNA_object.Rdata') 比较两组的差异分析 这里我们比较来自INH的细胞,不同性别分组间的差异。😘 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 group1 <- seurat_obj@meta.data %>% subset(cell_type == 'INH' & msex == 0) %>% rownames group2 <- seurat_obj@meta.data %>...
但WGCNA对于稀疏矩阵的敏感性性能相对较差，单细胞数据或者空间组学数据中固有的稀疏性和噪声会导致虚假的基因-基因相关性。今天给大家介绍一款基于WGCNA开发的hdWGCNA R包[1]，适用于在单细胞RNA-seq、空间转录组学、空间代谢组学等高维组学。由于单细胞或空间组学数据的相关结构对于不同的子集（细胞类型、细胞状态、...
hdWGCNA可以根据每个模块的hME、ME或hub gene分数可视化每个模块之间的相关性。🦀 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # plot module correlagramModuleCorrelogram(seurat_obj) 7DotPlot函数可视化ME 代码语言:javascript 代码运行次数:0
high dimensional WGCNA hdWGCNA is an R package for performing weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) in high dimensional transcriptomics data such as single-cell RNA-seq or spatial transcriptomics. hdWGCNA is highly modular and can construct context-specific co-expression networks across...
1112 0 09:37 App 生信分析 单细胞专题9 hdWGCNA 1657 0 13:25 App 生信分析2025最新单细胞思路讲解(附5篇模版文献) 2009 0 06:17 App 【单细胞合集1】多种类型单细胞数据读取(10X、h5、csv、txt)分析及质控 3665 1 03:25 App 【想学必看】GO和KEGG富集分析代码及示例数据(一键出图) 2580 0 00...
While hdWGCNA co-expression networks are undirected networks, where we do not have explicit information about which genes regulate each other, TF regulatory networks leverage TF binding motif information to build directed networks of TFs and their downstream target genes. Some of this analysis and ...
Crohn's disease (CD) arises from intricate intercellular interactions within the intestinal lamina propria. Our objective was to use single-cell RNA sequencing to investigate CD pathogenesis and explore its clinical significance. We identified a distinct subset of B cells, highly infiltrated in the ...
范垂钦/hdWGCNA 代码 Issues 0 Pull Requests 0 Wiki 统计 流水线 服务 Gitee Pages JavaDoc PHPDoc 质量分析 Jenkins for Gitee 腾讯云托管 腾讯云 Serverless 悬镜安全 阿里云 SAE Codeblitz 我知道了,不再自动展开 全部 里程碑 全部 开启的 0 已合并 0 已关闭 0 排序 优先级 标签 里程碑 创建...