hdWGCNA是一个R软件包,用于在单细胞RNA-seq或空间转录组学等高维转录组学数据中执行加权基因共表达网络分析(WGCNA)。hdWGCNA是高度模块化的,可以构建跨多尺度细胞和空间层次的共表达网络。hdWGNCA识别互连基因的健壮模块,并通过各种生物学知识来源提供这些模块的背景。hdWGCNA需要将数据格式化为Seurat对象,这是单细胞数...
1、hdWGCNA identifies co-expression networks in high-dimensional transcriptomics data. Cell Rep Methods. 2023 Jun 12;3(6):100498. 2、hdWGCNA:https://smorabit.github.io/hdWGCNA/ 3、hdWGCNA的Network可视化流程:https://smorabit.github.io/hdWGCNA/articles/network_visualizations.html 4、hdWGCNA的...
今天给大家介绍一款基于WGCNA开发的hdWGCNA R包[1]，适用于在单细胞RNA-seq、空间转录组学、空间代谢组学等高维组学。由于单细胞或空间组学数据的相关结构对于不同的子集（细胞类型、细胞状态、解剖区域）有很大差异，所以hdWGCNA流程考虑了这些因素，将高度相似的细胞整合成 "metacells元细胞"或者"metapixels元像素点...
(一)(小试牛刀) 好久没更了,今天写一下hdWGCNA吧,单细胞和空间转录组都能用到的高级分析。🧐 2用到的包 代码语言:javascript 复制 rm(list=ls())library(Seurat)library(tidyverse)library(cowplot)library(patchwork)library(WGCNA)library(hdWGCNA) 记得设置一下哦。😘 代码语言:javascript 复制 theme_set(...
03:34 生信分析 单细胞专题9 hdWGCNA 09:37 单细胞21天_细胞注释_第一周 芒果师兄聊生信 1216 0 【单细胞合集15】单细胞正常组和疾病组差异分析 免费的午餐啊 640 0 思路分享:单细胞数据挖掘的一般思路 芒果师兄聊生信 290 0 006:XGBoost、逻辑回归、随机森林、决策树效果对比,二分类预测,贝叶斯调参,...
打破单细胞分析对代码高要求的壁障,尽力用相对简单的代码,给大家带来更高级的分析,为自己的文章增加一抹亮色!, 视频播放量 1847、弹幕量 0、点赞数 33、投硬币枚数 24、收藏人数 109、转发人数 11, 视频作者 免费的午餐啊, 作者简介 代码数据都在交流群,加群/分析请私
load('hdWGCNA_object.Rdata') 比较两组的差异分析 这里我们比较来自INH的细胞,不同性别分组间的差异。😘 代码语言:javascript 复制 group1<-seurat_obj@meta.data%>%subset(cell_type=='INH'&msex==0)%>%rownames group2<-seurat_obj@meta.data%>%subset(cell_type=='INH'&msex!=0)%>%rownameshe...
Immugent在hdWGCNA系列推文第一篇:hdWGCNA:将单细胞和空间转录组的WGCNA分析变成现实中,介绍了hdWGCNA包的主要功能框架,并在上一期推文:hdWGCNA系列推文(一):分析流程的搭建中给大家说明了如何安装hdWGCNA。那么从本期推文开始,正式开始讲解如何在实际分析数据的过程中使用hdWGCNA。
wgcna_name = "tutorial" # the name of the hdWGCNA experiment ) 4. 构建元细胞 设置好 Seurat 对象后,在 hdWGCNA 中运行 hdWGCNA 管道的第一步是从单细胞数据集中构建元细胞。简而言之,元细胞是源自相同生物来源样本的小群相似细胞的聚集体。k-最近邻 (KNN) 算法用于识别要聚集的相似细胞组,然后计算这些...
Using HdWGCNA, MPM蠁 and marker genes were identified. Functional analysis showed an enrichment of genes related to antigen processing progress and immune response. Machine learning and deep learning models based on key genes showed significant effectiveness in distinguishing between primary and metastatic...