hdWGCNA是一个R软件包,用于在单细胞RNA-seq或空间转录组学等高维转录组学数据中执行加权基因共表达网络分析(WGCNA)。hdWGCNA是高度模块化的,可以构建跨多尺度细胞和空间层次的共表达网络。hdWGNCA识别互连基因的健壮模块,并通过各种生物学知识来源提供这些模块的背景。hdWGCNA需要将数据格式化为Seurat对象,这是单细胞数...
在运行 hdWGCNA 之前,我们首先要设置 Seurat 对象。hdWGCNA 计算出的大部分信息都存储在 Seurat 对象的 @misc 插槽中。一个 Seurat 对象可以容纳多个 hdWGCNA 实验,例如代表同一单细胞数据集中的不同细胞类型。值得注意的是,由于我们将hdWGCNA 视为下游数据分析步骤,因此不支持在运行 SetupForWGCNA 之后对 Seurat ...
DMEs<-FindDMEs(seurat_obj,barcodes1=group1,barcodes2=group2,test.use='wilcox',wgcna_name='tutorial')head(DMEs) 可视化一下结果吧!~🙃 棒棒糖图展示。🍭 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 PlotDMEsLollipop(seurat_obj,DMEs,wgcna_name='tutorial',pvalue="p_val_adj") 火山...
1112 0 09:37 App 生信分析 单细胞专题9 hdWGCNA 1657 0 13:25 App 生信分析2025最新单细胞思路讲解(附5篇模版文献) 2009 0 06:17 App 【单细胞合集1】多种类型单细胞数据读取(10X、h5、csv、txt)分析及质控 3665 1 03:25 App 【想学必看】GO和KEGG富集分析代码及示例数据(一键出图) 2580 0 00...
但WGCNA对于稀疏矩阵的敏感性性能相对较差,单细胞数据或者空间组学数据中固有的稀疏性和噪声会导致虚假的基因-基因相关性。 今天给大家介绍一款基于WGCNA开发的hdWGCNA R包[1],适用于在单细胞RNA-seq、空间转录组学、空间代谢组学等高维组学。 由于单细胞或空间组学数据的相关结构对于不同的子集(细胞类型、细胞状态、...
5只对一种细胞类型进行hdWGCNA(Optional) 如果你只想对其中一种细胞进行WGCNA,那就运行下面的代码,标注一下你要的细胞就行了。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # # we only want the data from the astrocytes # cur_group<-'ASC'# ...
While hdWGCNA co-expression networks are undirected networks, where we do not have explicit information about which genes regulate each other, TF regulatory networks leverage TF binding motif information to build directed networks of TFs and their downstream target genes. Some of this analysis and ...
conda create -n hdWGCNA -c conda-forge r-base r-essentials # activate conda environment conda activate hdWGCNA 紧接着打开R语言,按照依赖包: Bioconductor, an R-based software ecosystem for bioinformatics and biostatistics. Seurat, a general-purpose toolkit for single-cell data science. ...
(ModuleTopologyHeatmap) diff --git a/_pkgdown.yml b/_pkgdown.yml index 6ce18d0a..b1d5b2b3 100644 --- a/_pkgdown.yml +++ b/_pkgdown.yml @@ -129,6 +129,7 @@ reference: desc: Functions for generating plots with hdWGCNA contents: - '`ModuleFeaturePlot`' + - '`ModuleRadarPlot`...
single-cellhdWGCNAdeep learningplasma celloxidative stressUlcerative colitis (UC) develops as a result of complex interactions between various cell types in the mucosal microenvironment. In this study, we aim to elucidate the pathogenesis of ulcerative colitis at the single-cell level...