✅PGC (Psychiatric Genomics Consortium)网站提供了抑郁症,双相情感障碍,精神分裂症等精神疾病的GWAS summary data,由多个机构合作完成了多个大样本量的GWAS meta分析。数据下载需注册账号。 网址:med.unc.edu/pgc/ ✅SSGAC (Social Science Genetic Association Consortium)提供了教育水平,经济和政治取向,人格等行为...
meta_fixed <- rma(effect, se, data = data_combined, method = "FE" # 查看Meta结果 summary(meta_fixed) 参考: 【1】Fongang B; Mega Vascular Cognitive Impairment and Dementia (MEGAVCID) consortium. A genome-wide association meta-analysis of all-cause and vascular dementia. Alzheimers Dement....
summary statistic顾名思义,就和R里面的summary函数一样,是对GWAS数据的一个概括总结,包含了结果中最核心的信息。 ebi也提供了很多GWAS研究summary statistic的结果下载,https://www.ebi.ac.uk/gwas/summary-statistics GWAS的基本原理 如何跑GWAS? 转到姊妹篇:GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD...
从图中我们可以看到,GWAS summary数据一般已经提供了beta、se,可直接计算Zscore,这是个体水平的GWAS数据所没有的,因此GWAS summary数据为后续需要用到这些值的分析提供了便利。 此外,相比于个体水平的GWAS数据,GWAS summary数据是汇总分析的结果,实验...
来自meta分析的概括性数据 summary-level statistics from a meta-analysis GWAS 参考样本的基因组文件 plink格式 -cojo-file [test.ma]用于指定概括性数据: 概括性数据输入文件格式如下所示, SNP A1 A2 freq b se p N rs1001 A G 0.8493 0.0024 0.0055 0.6653 129850 ...
GWAS全基因组关联分析summarystatistic概括统计meta- analysis综合分析 有很多概念需要明确区分：⼈有23对染⾊体，其中22对常染⾊体autosome，另外⼀对为性染⾊体sex chromosome，XX为⼥，XY为男。染⾊体区带命名：在标⽰⼀特定的带时需要包括4项：①染⾊体号；②臂的符号；③区号；④在该区内的...
功能方面:支持基因、表型、变异位点等查询,提供所有GWAS研究的全基因组显著关联位点交互式核型浏览图,支持GWAS数据上传等等。 ✅PGC (Psychiatric Genomics Consortium)网站提供了抑郁症,双相情感障碍,精神分裂症等精神疾病的GWAS summary data,由多个机构合作完成了多个大样本量的GWAS meta分析。数据下载需注册账号。
因此当群体出现分层时，常规手段是将分层的群体独立进行分析，最后再做meta分析。1.如何判断群体是否分层 ...
meta分析可以自定义整合多种数据,不同研究、不同群体、多种协变量的数据。 meta-analysis of summary statistics is as efficient (in terms of statistical power) as pooling individual-level data across studies, but much less cumbersome meta分析最大的优势是直接提升了power ...
孟德尔随机化分析详细教程 09:19 如何免费获取完整的GWAS summary数据(2) 00:31 GWAS数据库简介(一)GWASCatalog 00:23 好评如潮!半小时熟练掌握孟德尔随机化分析! 00:16 孟德尔随机化分析本地数据对线上数据分析实操 01:33 孟德尔随机化分析全网最简单懒人代码实操 01:48 孟德尔一对一教学及科研思路启发...