# Hardy-Weinberg 平衡过滤: 对控制个体进行 Hardy-Weinberg 平衡过滤(例如,p < 1e-6 的 SNP) plink --bfile step3_filtered --hwe 1e-6 --make-bed --out step4_filtered --allow-no-sex # Step 5: 亲缘关系过滤 plink --bfile step4_filtered --genome --min 0.2 --out related_samples --all...
1, 如果一个SNP在个体中2%都是缺失的,那么就删掉该SNP,参数为:--mind 0.02 2,如果一个个体,有2%的SNP都是缺失的,那么就删掉该个体,参数为:--geno 0.02 4. 1 对个体缺失率进行筛选 「先过滤个体缺失率高于2%的SNP」 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 plink--bfile HapMap_3_r3_1--...
更有甚者MAF为0,那就是所有位点只有一种基因型,这些位点没有贡献信息,放在计算中增加计算量,没有意义,所以要根据MAF进行过滤。 ❞ 1. 去掉性染色体上的位点 「思路:」 在map文件中选择常染色体,提取snp信息 根据snp信息进行提取 「提取常染色体上的位点名称:」 因为这里是人的数据,所以染色体只需要去1~22的...
GWAS学习笔记SNP过滤 1:缺失比例（Missing rates）：(GENO>0.05)Shortly we will apply more stringent criteria,such that GENO>0.05. In this case,0.05*89=4.45samples,meaning that if a SNP is missing in4.45more more samples,that SNP will be removed from the dataset.不久将来，我们将采用更...
主要包括7个步骤,分别是:SNP过滤、基因型填充、进化树分析、主成分分析、群体遗传结构分析、连锁不平衡分析和GWAS分析。 1.SNP过滤 主要使用vcftools进行,所以输入文件是测序后分析出的vcf文件,生成的还是vcf。 软件主页:http://vcftools.github.io/ vcftools主要用于处理vcf文件,功能有以下几个: ...
1, 如果一个SNP在个体中2%都是缺失的,那么就删掉该SNP,参数为:--geno 0.02 2,如果一个个体,有2%的SNP都是缺失的,那么就删掉该个体,参数为:--mind 0.02 4. 1 对SNP缺失率进行筛选--geno 「先过滤SNP缺失率高于2%的SNP」 plink --bfile HapMap_3_r3_1 --geno 0.02 --make-bed --out HapMap_3_...
第1步:SNP缺失率过滤 第2步:检测、过滤性别差异 第3步:次等位基因频率(MAF)过滤 第4步:删除不符合Hardy-Weinberg平衡的SNP 第5步:控制杂合率偏差 第6步:清除隐含相关的个体 4. 结语 1. 准备 首先,使用下述命令即可将该Github项目下载到本地: gitclonehttps://github.com/MareesAT/GWA_tutorial.git ...
对每个SNP进行统计测试，采用线性或逻辑回归分析，以评估每个SNP与表型之间的关联强度。◆ 多重检验校正及结果可视化 由于进行多次统计测试，可能会产生假阳性结果，因此需要采用适当的方法（如Bonferroni校正或FDR方法）来控制假阳性率。将统计结果以图表形式展示，如曼哈顿图和QQ图，便于直观地查看和分析结果。GWAS工具...
2、SNP过滤阈值的设定 三、怎么进行质量控制 质量控制包括两个方向,一个是样本的质量控制,一个是SNP的质量控制 1、样本的质量控制 样本的质量控制包括:缺失率、杂合性、基因型性别和记录的性别是否一致。 1)检测缺失率,通常情况下,将样本缺失率大于5%的个体去除 ...
PLINK是一个免费的开源全基因组关联分析工具集,在SNP数据统计,过滤,GWAS分析中都可以用得上,而且计算速度很快。直接去百度上搜索plink就可以很容易就找到plink官网(http://www.cog-genomics.org/plink2)功能大概有以下几种: 数据管理: SNP数据格式的转换,合并两个或多个文件,提取SNP子集,以二进制文...