而且该数据库是免费的,因此MR大部分研究的数据都来自于此。 官网链接:GWAS[1] 如果你要进行孟德尔随机化的研究,GWAS Catalog是一个必不能错过的数据库。 它包含以下类型的数据: 1. 遗传变异和基因型数据:该目录包含大量的遗传变异数据,通常以单核苷酸多态性(SNP)的形式呈现。这些SNPs与各种性状、疾病和特征相关联...
点击FTP Download可以查看可下载的数据,这里注意一下大小,一般那种400多M的数据才是完整数据,数据太小的话可能在做孟德尔随机化时找不到合适的SNP位点。前面GCST开头的ID号有的也可以在上面的openGWAS数据库里搜到。 3.easyGWAS easygwas.biochem.mpg.de后面的这几个数据库虽然不像前面这两个应用的这么多,但礼...
我们通常所说的GWAS数据，主要是指GWAS Summary，它详细记录了每一个SNP位点的信息，诸如位点本身以及相应的P值等关键数据。为了获取GWAS数据，特别是GWAS Summary所包含的详尽信息，我们需要深入了解各大GWAS数据库。OpenGWAS数据库是查找和下载GWAS数据时最常用的资源之一。其界面友好，功能全面，为研究者提供了便捷的...
网站:https://www.thessgac.org/ CTG: The Netherlands’s CTG lab 提供了100多个常见疾病和人体表型的GWAS汇总统计数据,包括代谢、心血管、免疫、癌症等的GWAS数据。数据下载需在邮件中申请。 网站:https://ctg.cncr.nl/software/summary_statistics FinnGen: 芬兰FinnGen项目汇总了多种疾病的GWAS和PheWAS结果,...
2.2 ▍ 数据信息解析 VCF文件正是我们所需下载的GWAS全部数据文件。这些数据的时间戳为2018年，我们需要理解这些数据对MR分析的重要性。在使用R语言读取和整理相关数据过程中，通过仔细分析VCF对象中包含的三部分数据（meta、variants和samples），特别关注各字段对MR分析的重要性，比如：SNP ID：通常以“rs”开头...
2. Diagram:以疾病为单位进行检索,查看每种疾病所有相关SNP位点的结果,结果展示了所有关联的SNP位点在染色体上的分布 3. 下载:下载关联分析的结果,提供了多种格式的结果供下载 GWAS ATLAS数据库 :https://ngdc.cncb.ac.cn/gwas/ GWAS ATLAS数据库收录了来自4756个人类不同表型的GWAS结果,并进行了不同表型间的...
如何选择适合的GWAS数据进行孟德尔随机化分析? 1. 选择研究年份近的数据。首先,优先选择较新的GWAS数据。随着技术的不断发展,数据的质量和准确性也有所提高。因此,选择研究年份近的数据可以确保数据的可靠性和有效性。 2. 选择研究样本量...
RegulomeDB和HaploReg数据库提供了将大量基因组学数据与非编码突变整合的思路。 1.背景 GWAS研究产生了大量的SNP,大部分在非编码基因组 这些SNP其实是Lead/Tag SNP,所以需要同时关注与这些SNP处于高LD(linkage disequilibrium)的其它SNP ENCODE产生的大量数据,可以用来注释这些SNP,为我们研究这些SNP的功能提供一些参考。
GWAS数据库是一个综合性的遗传信息存储与分享平台。它通过收集大量的遗传数据，帮助科研人员找出与特定疾病或性状相关的遗传变异。这些数据不仅包括基础的遗传信息，如SNP的位置和频率，还包括这些遗传变异与特定疾病或性状的关联强度。此外，数据库还提供了相关研究的详细信息，如研究论文、研究方法等，为科研...
孟德尔随机化研究的关键步骤包括获取数据、选取合适工具、数据预处理、MR分析等。获取GWAS数据前，需明确研究目标，选择与问题相关的基因型数据。数据预处理包括数据清理、缺失值处理、基因型数据合并、SNP的LD剪切、共变量检查和调整等。在进行MR分析时，关注SNP与结局的关系，使用多种分析方法，如MR Egger...