运行分析前需要准备一个metal.txt文件,如下图所示 其中MARKER对应的是DGI_three_regions.txt文档的SNP列名; WEIGHT对应的是DGI_three_regions.txt文档的SNP列名; 其他的以此类推;相当于metal分析的config文件。 运行代码 metal metal.txt 进行meta分析,meta分析后会生成两个文件,分别是METAANALYSIS1.TBL和http://MET...
在计算机里,meta就是描述数据的数据。 META是一种思想概念,一种抽象思维,用来描述数据的数据,比如有一张学生表,记录着学生的基本信息,我们通过表可以获取学生信息(数据),但是有时候也要得到表本身的信息数据(比如表结构信息:字段名称,字段数据类型,长度等信息),对于这种基础信息的描述,就会使用META的概念,使用META元...
常用的方法如前面提到的多效性检验,异质性检验等等。在这篇文章中,作者通过meta分析扩大了样本量,增加了结果的普遍性。之后计算LD,MAF等,验证了工具变量的独立性和关联性,通过与PE的GWA数据库联合分析,筛选出了具有排他性的工具变量。最后,通过敏感性测试,进一步说明了结果的可靠性。
4 meta分析 只用一行命令,就可以学会全基因组关联分析(GWAS)的meta分析 5 条件分析 GWAS条件分析(conditional analysis):作用,步骤,结果解读 6 基因多效性 啊啊救救我,为何我的QQ图那么飘(全基因组关联分析) 7 GWAS后续分析 SNP在世界地图上的频率分布 GWAS:拒绝假阳性之case和control数量比例严重失衡的解决方案(...
关联分析:就是AS的中文,全称是GWAS。应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态;SNP为分子遗传标记,进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析,通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种新策略。在全基因组范围内选择遗传变异进行基因分析,比较异常和对照组之间每个遗传变异及其频率的差异,统计分析每个变异与目标性状之间的...
GWAS全基因组关联分析summarystatistic概括统计meta- analysis综合分析 有很多概念需要明确区分：⼈有23对染⾊体，其中22对常染⾊体autosome，另外⼀对为性染⾊体sex chromosome，XX为⼥，XY为男。染⾊体区带命名：在标⽰⼀特定的带时需要包括4项：①染⾊体号；②臂的符号；③区号；④在该区内的...
GWAS后分析 Post-GWAS Analysis 功能注释 Variants Annotation 遗传力估计 Heritability Estimation 多基因风险分数 Polygenic Risk Score 荟萃分析 GWAS Meta-analysis 基因集(通路)富集分析 Gene-set/Pathway enrichment analysis 孟德尔随机化 Mendelian randomization (MR) 其他Others 最近更新:20231219 English site: https...
插入SNPs可以填补零星缺失的基因型,协调来自不同GWAS基因分型阵列的数据,以执行汇集或meta分析并增加用于精细定位的SNP密度。插入成功的关键标准是直接测定的SNP与没固定类别SNP高度相关,并且提供了代表研究样本的LD模式和等位基因频率的模板的适当参考标准。虽然插入SNP对质量控制过滤的选择具有一定提升作用,但检测与特征相...
GWAMA:GWAS meta-analysis的又一利器 点击鼠标即可完成GWAS meta分析,任何人都可以! 用R进行gwas meta分析,原来如此简单 也可以将基因和基因之间的互作,基因和环境因素之间的互作考虑进来,一起分析 基因型与表型的交互作用如何分析,多元回归来搞定 你听说过Epistasis吗? GWAS中的Gene-Gene Interactions如何分析?看这里...