(2) Meta-level QC(步骤19-26) 比较不同文件的特定文件的统计数据,以描述特定研究的问题 如果特定研究的问题不能集中解决,,应联系相关的研究分析师澄清 (3) Meta-analysis (步骤27-28) meta分析实际进行的阶段 通常由两个分析师独立进行 (4)Meta-analysis QC (步骤29-32) 包括检查 meta分析结果,比较两个不...
目前收录最全的GWAS数据库有GWAS catalog以及OpenGWAS。Meta 分析只要是规范化完成的,甚至高于 RCT 试验!并且这类型文章在高分期刊的占比还是非常大,非常值得大家一冲! 具体来讲,这篇SCI利用大量样本量发现26个常见的癫痫风险位点,使用十种GWAS后分析方法的组合,确定了最有可能成为这些关联信号基础的29个基因。从基因...
概述: GWAS汇总数据的meta分析,是使用适当的权重将不同的GWAS整合到一起(可以是相同的疾病或者性状,也可以是几个有关联的疾病或者性状) 其在复杂遗传疾病和性状的gwas研究中日益成为重要的工具 R语言实现:metal软件 #准备好GWAS数据 #使用metal软件,执行GWAS的meta分析 snplist <- read.xlsx("./原文/1-s2.0-S...
先用plink计算PCA，具体方法详见链接：GWAS群体分层 (Population stratification)：利用plink对基因型进行PCA...
硕士学位论文肺癌GWAS数据的meta分析及生物学通路富集分析研究META-ANALYSISANDBIOLOGIICALPATHWAYGSEARESEARCHOFLUNGCANCERGWASDATA韩智杰哈尔滨工业大学016年年6月
全基因组关联分析是目前研究复杂疾病易感性的最有效手段之一,通过芯片或者高通量测序得到全基因组规模的SNP分析结果,再结合卡方,费舍尔精确检验,线性回归等统计方法,快速分析与表型相关联的SNP位点。本文整理了GWAS数据分析相关的资料。 GWAS芯片是常用的SNP分型平台,但是其位点相比全基因组还是不够,此时可以通过基因型填...
全基因组关联分析(GWAS)为研究单核苷酸多态性提供了便利,同时为我们后期研究遗传表型多样性提供了媒介。然而,GWAS研究因为是种群研究往往需要大量的队列信息,那么多中心、大样本的数据研究成为必要的步骤。我们今天介绍一个基于SNP共位点信息集合也就是对应的基因,用于GWAS多研究的元分析工具包seqMeta。该包可以适应不相关...
Table S2. GWAS meta-analysis results, European Ancestry, ACD 软件实现【2】: 1. 下载原始数据 我们需要vcf格式的文件 2. vcf文件解析:PLINK 使用PLINK软件中的VCF解析器,如vcftools或bcftools,将VCF文件转换为BOLT-LMM所需的格式 3. 运行单个GWAS分析:BOLT-LMM ...
选择三种癌症来源GWAS作为结局数据。采用双样本孟德尔随机化(MR)分析IBD对32例结肠外癌的因果效应。应用meta分析来评估具有多个MR结果的综合因果效应。 研究思路 该MR 分析调查了 IBD 与结肠外癌之间的因果关系。32种癌症分为呼吸系统癌、口腔咽癌、消化系统癌、血液系统恶性肿瘤、生殖器系统癌、乳腺癌、皮肤癌和其他...
因此,遗传学界广泛采用了将来自多个GWAS的汇总统计数据合并到单个meta分析中的方法,以通过增加有效样本量来提高分析的统计能力 在meta分析过程中需要进行严格的质量控制 (quality control,QC) 附带R 包EasyQC 流程: 典型的 genome-wide association meta-analyses (GWAMAs) 包括四个主要阶段 ...