以下是GWAS分析的典型步骤: 1. 确定研究目标 明确研究问题:确定要研究的疾病、性状或表型,以及可能的遗传背景。 样本选择:根据研究目标选择合适的病例组和对照组样本,确保样本数量足够且具有代表性。 2. 数据收集与预处理 基因分型数据获取:通过高通量测序技术(如SNP芯片)获得个体的基因分型数据。 质量控制:对原始
1，表型数据分析2，基因型数据分析3，关联分析4，候选基因分析 GWAS VS QTL：QTL都是人工群体，有高度的LD衰减，所以需要比较少的标记就可以。但是QTL缩小区间，需要大量的群体才能找到交换单株，工作量巨大。GWAS群体LD衰减距离很快，所以需要高密度的标记。GWAS成为育种群体挖掘基因的更有利工具。进而应用于MAS。在多...
下面主要讲述如何进行GWAS分析和meta-analysis分析的详细步骤。主要分以下三部分展开:(1)GWAS软件的选择;(2)GWAS软件fastGWA的具体使用方法;(2)如何将多个GWAS的结果结合起来进行meta-analysis. 一、GWAS软件的选择 针对做GWAS分析的样本有一定的亲缘关系,则需要在进行GWAS分析时使用混合线性模型。下面调研了做GWAS分析使...
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为了解决这个问题,我们就需要做条件分析。 二、GWAS的条件分析(conditional analysis)步骤 如果你有全基因组关联分析的基础的话,条件分析的工作则很简单,只需要在原来的基础上加上“--condition”的参数,具体为: 如果表型为case/control的情况: .``/plink--bfile .``/data--condition`` rs121 --logistic --...
下列哪些不是TWAS设计的步骤 A、在eQTL数据中算出对应于该基因的所有的cis-SNPs的一个权重 B、把权重代入到GWAS的数据当中,得到预测基因表达值 C、将预测的基因表达值和复杂疾病或性状建立关联分析 D、利用GWAS中基因表达数据,得到预测的基因表达值
1,表型数据分析 2,基因型数据分析 3,关联分析 4,候选基因分析 GWAS VS QTL: QTL都是人工群体,有高度的LD衰减,所以需要比较少的标记就可以。但是QTL缩小区间,需要大量的群体才能找到交换单株,工作量巨大。 GWAS群体LD衰减距离很快,所以需要高密度的标记。GWAS成为育种群体挖掘基因的更有利工具。进而应用于MAS。
今天介绍第一章:《GWAS分析的主要步骤和关键要点》。 GWAS分析大体有四个部分: 1,表型数据分析 2,基因型数据分析 3,关联分析 4,候选基因分析 GWAS VSQTL: QTL都是人工群体,有高度的LD衰减,所以需要比较少的标记就可以。但是QTL缩小区间,需要大量的群体才能找到交换单株,工作量巨大。
1,表型数据分析 2,基因型数据分析 3,关联分析 4,候选基因分析 GWAS VS QTL: QTL都是人工群体,有高度的LD衰减,所以需要比较少的标记就可以。但是QTL缩小区间,需要大量的群体才能找到交换单株,工作量巨大。 GWAS群体LD衰减距离很快,所以需要高密度的标记。GWAS成为育种群体挖掘基因的更有利工具。进而应用于MAS。 在...
今天介绍第一章:《GWAS分析的主要步骤和关键要点》。 GWAS分析大体有四个部分: 1,表型数据分析 2,基因型数据分析 3,关联分析 4,候选基因分析 GWAS VS QTL: QTL都是人工群体,有高度的LD衰减,所以需要比较少的标记就可以。但是QTL缩小区间,需要大量的群体才能找到交换单株,工作量巨大。