gff和gtf格式都可以储存基因信息,有很多共同点,存储信息侧重点又不一样,最主要的是不同的软件对于文件格式的要求不同,有时候你找不到需要的格式文件时,就得用另一个格式文件进行转换,我这次就得把gff文件转为我需要的gtf文件。 一、GFF/GTF简介: GFF全称为general feature format,这种格式主要是用来注释基因组; ...
GTF featuretypes是必须根据软件注明的。GFF的feature type可以使用任意名称。 GTF的score一般不会被用到,都是“.”。 GFF第九列属性键值之间用=,不同键值分割用“;”。GTF用空格分隔 GTF第9列必须以gene_id以及transcript_id开头 使用cufflinks里的工具gffread在两种格式之间转换 image.png GFF3 GFF3文件 在最新...
而且GTF文件的第9列同GFF文件不同,虽然同样是标签与值配对的情况,但标签与值之间以空格分开,且每个特征之后都要有分号;(包括最后一个特征); gene_id “geneA”;transcript_id “geneA.1”;database_id “0012”;modified_by “Damian”;duplicates 0; GFF 文件与 GTF 文件相互转换 使用Cufflinks里面的工具gffre...
GTF与GFF文件都是用于存储注释信息的文本类型,经常可以看到二者格式之间的相互转换。二者的名字相似,连内容都极为相似,那么二者的差异究竟在哪里呢? GFF (general feature format): 可以用于任何基因组注释的存储 GTF (gene transfer format): 严格的用于基因注释信息的存储 GFF GFF文件是一种用来描述基因组特征的文件...
gtf 转换为 gff: gffread -L Arabidopsis_thaliana.TAIR10.53.gtf -o test.gff 如果你的 gtf 来自 ensembl,可以加-L 参数 gff 转换为 gtf: gffread -T Arabidopsis_thaliana.TAIR10.53.gff3 -o test.gtf 关于AGAT 使用上面的方法,将 gff 转换为 gtf 后,第 3 列只剩 exon、cds 等 feature,丢失了很多其他...
格式转换: Cufflinks里有直接转换的工具: #gfftogtf gffread *.gff3 -T -o *.gtf #gtf2gff gffread *.gtf -o- > *.gff3 因为GTF和GFF格式都包含位置信息,所以可以用awk提取这些信息,成为一个BED文件: cat *.gtf | grep exon | cut -f1,4,5,9 | cut -f1 -d";" | awk '{print $1, $2...
转换文件时,工具如Cufflinks的gffread是一个常见选择。使用gffread将GFF转换为GTF,例如`/cufflinks-2.2.1/gffread -T my.gff -o my_gffread.gtf`,输出的GTF文件会简化信息,只保留exon和CDS,而可能缺少gene、mRNA等详细信息。对于实际应用,如区分转录本或进行定量分析,exon区间信息通常足够。软件...
003、将注释文件gff格式转换为gtf格式 [root@pc1 test]#ls ## 测试gff文件GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.gff [root@pc1 test]#/home/software/gffread/gffread-0.12.7.Linux_x86_64/gffread GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.gff -T -o result.gtf ## 转换程序[root@pc1 test]#ls ## 转换结果GCF_00170...
首先用gff3ToGenePred转换为GenePred格式,然后在利用genePredToGtf转换为GTF格式。 生成的gtf示例如下 NC_012920.1 hg38.GenePred transcript 15956 16023 . - . gene_id "gene60958"; transcript_id "rna171196"; gene_name "gene60958"; ...
AGAT 有能力检查、修复、填充任何类型的 GTF 和 GFF 的缺失信息 (特征/属性),以创建完整、分类和标准化的 gff3 格式。经过多年的优化,它已经开发了大量工具来执行几乎任何可能与 GTF/GFF 格式文件相关的任务 (转换,合并,修改,过滤,FASTA 序列提取,添加信息等)。与其他方法相比,AGAT 即使对最不规范的 GTF/GFF...