conda install -c bioconda gffread 3.格式转换,下面这一条命令就可以将gff3格式的注释文件转换成gtf格式的文件了。 gffread gencode.v19.annotation.gff3 -T -o gencode.v19.gtf 当然也可以将gtf格式的文件转换成gff3格式的文件 gffread gencode.vM13.annotation.gtf -o gencode.vM13.annotation.gff3 gff文件...
conda install -c bioconda bioinfokit 2.下载测试用的gff3格式的注释文件 https://reneshbedre.github.io//assets/posts/gffgtf/Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gff3 3.运行python代码转换格式,其实也就一条命令就能搞定 Python 3.7.0 (default, Jun 28 2018, 08:04:48) [MSC v.1912 64 bit (AMD64...
你的mRNA ID和基因ID相同了,你把所有的mRNAID后面批量加一个.1吧
conda install -c bioconda gffread 3.格式转换,下面这一条命令就可以将gff3格式的注释文件转换成gtf格式的文件了。 gffread gencode.v19.annotation.gff3 -T -o gencode.v19.gtf 当然也可以将gtf格式的文件转换成gff3格式的文件 gffread gencode.vM13.annotation.gtf -o gencode.vM13.annotation.gff3 gff文件...
3.格式转换,下面这一条命令就可以将gff3格式的注释文件转换成gtf格式的文件了。 gffreadgencode.v19.annotation.gff3-T-ogencode.v19.gtf 当然也可以将gtf格式的文件转换成gff3格式的文件 gffreadgencode.vM13.annotation.gtf-ogencode.vM13.annotation.gff3...
3.格式转换,下面这一条命令就可以将gff3格式的注释文件转换成gtf格式的文件了。 gffreadgencode.v19.annotation.gff3-T-ogencode.v19.gtf 当然也可以将gtf格式的文件转换成gff3格式的文件 gffreadgencode.vM13.annotation.gtf-ogencode.vM13.annotation.gff3...
3.格式转换,下面这一条命令就可以将gff3格式的注释文件转换成gtf格式的文件了。 代码语言:javascript 复制 gffread gencode.v19.annotation.gff3-T-o gencode.v19.gtf 当然也可以将gtf格式的文件转换成gff3格式的文件 代码语言:javascript 复制 gffread gencode.vM13.annotation.gtf-o gencode.vM13.annotation.gff...
利用Python将gff3转换成gtf格式 前面我们讲了如何利用工具gffread将gff文件转换成gtf文件。可能有些读者会说我没有安装了linux或者苹果操作系统的电脑。没关系,今天小编再给大家介绍一个python下的工具包,可以实现相同的功能。这个工具包对操作系统没有要求,也就是说在windows,linux或者苹果操作系统下面都能用。
https://reneshbedre.//assets/posts/gffgtf/Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gff3 3.运行python代码转换格式,其实也就一条命令就能搞定 Python 3.7.0 (default, Jun 28 2018, 08:04:48) [MSC v.1912 64 bit (AMD64)] :: Anaconda, Inc. on win32 ...