GFF和GTF是两种最常用的数据库注释格式。 在信息分析中建库时除了需要fasta文件一般还会需要GFF和GTF文件。 GFF全称为general feature format,这种格式主要是用来注释基因组。 GTF全称为gene transfer format,主要是用来对基因进行注释。 二、区别与联系 GTF是在GFF的基础上发展而来。 二者有很多类似的地方,都是\t分隔...
在最新版本的GFF文件中(GFF3),有一些是已经预先定义的属性特征,并且这些特征往往还有特殊的含义:ID这个标签实在各行都要有的;另外有一个Parent的属性,它指明type所从属的上一级ID。 GTF 当前所广泛使用的GTF格式为第二版(GTF2),它主要是用来描述基因的注释。GTF格式有两个硬性标准: 根据所使用的软件的不同,fea...
在最新版本的GFF文件中(GFF3)，有一些是已经预先定义的属性特征，并且这些特征往往还有特殊的含义：ID这个标签实在各行都要有的；另外有一个Parent的属性，它指明type所从属的上一级ID。当前所广泛使用的GTF格式为第二版(GTF2)，它主要是用来描述基因的注释。GTF格式有两个硬性标准：gtf2的内容和gff3...
主要采用gffcompare(https://github.com/gpertea/gffcompare),其主要具有三个功能:1)评估Cufflinks/Stringtie等转录本组装软件的准确性;2)合并多个GFF/GTF中重叠的部分(多个样本组装结果的合并)3)可以对一个或多个GTF/GFF文件的注释相对于参考的GTF/GFF文件进行分类(with "class codes" assigned to transcripts as p...
转换后的GTF文件 3.1 cufflinks转换 3.1.1 cufflinks安装 pip3 install cufflinks --user -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple ## -i 指定国内镜像源 cufflinks --help ## 测试是否安装成功 3.1.2 GTF与GFF文件之间的相互转换 gffread GCF_001704415.1_ARS1_genomic.gff -T -o GCF_001704415.1_ARS...
GTF与GFF文件都是用于存储注释信息的文本类型，经常可以看到二者格式之间的相互转换。二者的名字相似，连内容都极为相似，那么二者的差异究竟在哪里呢？GFF文件是一种用来描述基因组特征的文件，现在我们所使用的大部分都是第三版）（GFF3）。gff文件除gff1以外均由9列数据组成，前8列在gff的3个版本中...