二、区别与联系 GTF是在GFF的基础上发展而来。 二者有很多类似的地方,都是\t分隔的9列文件,内容也比较接近。 GFF能够包含的信息更多更全,可以包含染色体,基因,转录本的信息。 而GTF主要用来描述基因和转录本的信息。 相互转化:如使用Cufflinks软件的 的gffread。 三、GTF格式介绍 以某物种的GTF文件为例(gtf文件是...
GTF (gene transfer format): 严格的用于基因注释信息的存储 GFF GFF文件是一种用来描述基因组特征的文件,现在我们所使用的大部分都是第三版)(GFF3)。gff文件除gff1以外均由9列数据组成,前8列在gff的3个版本中信息都是相同的,只是名称不同。 第9列attributes的内容存在很大的版本特异性,9列信息(以gff3为例)...
在最新版本的GFF文件中(GFF3)，有一些是已经预先定义的属性特征，并且这些特征往往还有特殊的含义：ID这个标签实在各行都要有的；另外有一个Parent的属性，它指明type所从属的上一级ID。当前所广泛使用的GTF格式为第二版(GTF2)，它主要是用来描述基因的注释。GTF格式有两个硬性标准：gtf2的内容和gff3...
在最新版本的GFF文件中(GFF3)，有一些是已经预先定义的属性特征，并且这些特征往往还有特殊的含义：ID这个标签实在各行都要有的；另外有一个Parent的属性，它指明type所从属的上一级ID。当前所广泛使用的GTF格式为第二版(GTF2)，它主要是用来描述基因的注释。GTF格式有两个硬性标准：gtf2的内容和gff3...