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GTEX是一种加密货币,全称为Global Tokenized Exchange(全球代币化交易所)。作为一种数字资产,GTEX币是该平台的官方货币,具有一定的使用价值和投资潜力。 GTEX币的背景和特点 GTEX币是由Global Tokenized Exchange平台发行的加密货币,它利用区块链技术实现了安全、快速、透明的交易。GTEX平台是一个去中心化交易平台,旨在让...
小伙伴们,大家好呀,很高兴和大家见面,最近看到有果粉提问关于TCGA数据没有正常组数据的问题,大部分的癌症数据的分组均是完整的,即均有肿瘤与正常组,对于有些特殊的疾病它仅保存了肿瘤分组数据,这时就需要用到另一个数据库:GTEx。今天呢我们来聊聊小伙伴们关于TCGA与GTEx数据库的疑惑。走神的小伙伴,还没有准备好的...
GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢,就是和TCGA联合使用。由于...
通常是直接去https://gtexportal.org/找到可以下载(在)的数据集,如下: 现在已经更新到v8了,v9是单细胞的数据 其中,对我们来说最重要的就是 表达矩阵, 可以下载图中 gene read counts 这个496M的文件,表达矩阵里面的样本ID肯定是数据库组织者自定义的,所以我们还需要找到样本ID的注释信息。
GTEx Portal作为开放资源的宝库，向全球科研人员公开了丰富的数据，包括精细的基因表达数据、QTLs（Quantitative Trait Loci，数量性状位点）以及组织显微镜图像，为生物学家提供了960位健康志愿者样本的生物银行。自2015年起，GTEx的发现不断突破，以Science、Nature等顶尖期刊为平台，发表了多篇里程碑式的论文...
GTEx，全称为Genotype-Tissue Expression，是一个由美国国立卫生研究院（NIH）资助长达十年的项目，旨在深入研究人类不同组织的特异性基因表达和调控。这个庞大的数据库（V8版）汇集了838位生前健康的捐献者的DNA信息（包括全基因组测序和全外显子测序），17382份RNA-seq数据，涉及54个组织器官，是全球唯一...
gtex (genotypetissue expression) 项目是一个公共数据库,旨在收集来自40多种不同人体组织的基因型和组织特异性基因表达数据。它被广泛用于研究基因表达的遗传调控机制以及在不同组织中的变异情况。 数据库、基因表达、遗传变异、疾病影响、研究工具。 (图片来源网络,侵删) ...
大部分课题组是如何利用GTEx数据的? GTEx/eQTLGen数据下载download GTEx files 小知识 一个SNP与一个gene,一般就选TSS上下游的gene,blood是金标准。 因为染色体是线性的,LD的存在让所有的genetic的分析都变复杂了,找到的SNP可能不是causal的,它的邻居才是。这对eQTL来说也是一样的。【如果一个region里LD=1,那它...