这里值得大力推荐的是GTEx数据库 ,Genotype-Tissue Expression (GTEx) 背景知识 一期 2015年,GTEx发布了第一个阶段性成果,一次性在Science杂志上发表三篇研究成果,该成果还被选为封面文章。GTEx的研究从175名死者身上采集到了1641个尸检样本,这些样本来自54个不同的身体部位,对几乎所有转录基因的基因表达模式进行了观...
数据也可以分组织进行下载(有read counts 和 TPM两种数据)。 ü 另外,GTEx还做了很多的QTL分析(不了解QTL的同学,请翻书到前面eQTL, cis-eQTL, trans-eQTL介绍和获取):包括Single-Tissue cis-QTL Data,Single-Tissue trans-QTL Data,Multi-Tissue QTL Data,Single Tissue cis-RNA Editing QTL Data等等 ---end-...
GTEx GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢,就是和TCGA联合使用。
题为“Landscape of X chromosome inactivation across human tissues”和“Dynamic landscape and regulation of RNA editing in mammals”的论文,采用GTEx数据探讨了与基因表达相关联的基因变异如何能够调节RNA编辑和X染色体失活现象。 数据库内容介绍 通常是直接去https://gtexportal.org/找到可以下载的数据集,如下: ...
上一期我们学习了The Cancer Imaging Archive (TCIA)数据库,今天我们来学习GTEx数据库的使用1前言GTEx数据库它是一个基因型和基因表达量关联数据库它收集的是正常人身上的组织来进行的测序。GTEx从约960名捐赠者和3万多个样本中收集了多个人体组织(大脑、心脏、肺、乳房、皮肤和全...
GEPIA (Gene Expression Profiling Interactive Analysis) web服务器是2017年推出的,是基于TCGA和GTEx数据库中肿瘤和正常样本进行基因表达分析的一个资源。今天向大家介绍一下更新和增强的GEPIA2版本,提供了更高的resolution和更多的功能。 数据库介绍 GEPIA2具有198 619种isoforms(功能上相似的蛋白质,具有相似但不完全相...
GTEX数据库是一个强大的工具,主要用于研究基因表达与人类疾病之间的关系,提供了大量组织样本的基因表达数据、支持跨组织查询、并允许用户下载数据以进行进一步分析。尤其在支持跨组织查询方面,GTEX数据库为科研人员揭示了特定疾病与特定基因在不同组织间的表达模式,从而为理解疾病的分子机制提供了有力的工具。
🔍 这时,就需要另一个数据库来补充:GTEx数据库。GTEx数据库可以为那些在TCGA数据库中找不到正常组织数据的小伙伴们提供帮助。将TCGA和GTEx数据库结合起来使用,简直是完美组合!📚 所以,当你在使用TCGA数据库时,如果发现缺少正常组数据,不妨试试GTEx数据库,它能为你的研究提供重要的补充信息。
使用GTEX数据库查找组织特异性表达基因的步骤如下：访问GTEX数据库：你可以通过访问gtexportal.org平台，进入GTEX数据库的主页。搜索特定组织：在GTEX数据库的平台中，你可以搜索特定的组织或器官名称，例如“大脑”、“心脏”等，以查找这些组织中的最高表达量基因。获取表达量数据：GTEX数据库提供了丰富的...
GTEx数据库 GTEx database:该数据库是健康人贡献的组织的RNASeq的数据。还有snp信息。将snp信息与gene的表达水平结合起来。 donor: donor贡献的tissue。 gene表达水平(用FPKM表示gene的表达水平)受其周围snp的影响,这样的gene叫做egene。这样的snp叫做eQTL。即:snp会影响gene的表达。