首先,让我们看一下实现“R语言GSEA富集分析HALLMARK”的整体流程: 数据准备数据分析结果展示 数据准备 在进行GSEA富集分析之前,我们需要准备好数据。这包括将基因表达数据准备好,并下载HALLMARK基因集。 数据准备代码 #读取基因表达数据expression_data <- read.csv("expression_data.csv")#下载HALLMARK基因集library(msig...
归一化富集分数(NES)是考察基因集(geneset)富集结果的主要统计指标。通过归一化富集分数,GSEA考虑了基因集大小的差异以及基因集和表型数据集之间的相关性;因此,归一化富集分数(NES)可用于比较不同基因组的分析结果。计算方法是: https://www.gsea-msigdb.org/gsea/doc/GSEAUserGuideTEXT.htm#_Nominal_P_Value btw...
gsea富集分析R语言HALLMARKgsea富集分析意义 GSEA简介首先简单介绍一下GSEA,它是2005年在PNAS上发扬光大的方法,沿用至今,目的是看差异表达的基因在哪些基因集中富集。相比于Over-representation只关注显著差异表达的基因,GSEA分析纳入所有基因,将一些微弱但不显著的效应考虑在内。假设做了AHBA的10000个基因表达和大脑表征相关...