数据分析 原创 mob64ca12dcc794 3月前 300阅读 gsea富集分析R语言HALLMARKgsea富集分析意义 GSEA简介首先简单介绍一下GSEA,它是2005年在PNAS上发扬光大的方法,沿用至今,目的是看差异表达的基因在哪些基因集中富集。相比于Over-representation只关注显著差异表达的基因,GSEA分析纳入所有基因,将一些微弱但不显著的效应考虑在...
数据分析 接下来,我们将进行GSEA富集分析。这个过程包括计算基因集的富集分数和生成富集分析结果。 数据分析代码 #安装GSEABase包if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GSEABase")#加载所需包library(GSEABase)#运行GSEAgsea_results <- fgse...
GSEA 通路是指在 GSEA 分析过程中涉及到的信号通路。这些通路包括代谢通路、细胞周期通路、免疫通路等。通过分析这些通路中基因的表达差异,可以发现与表型或疾病相关的生物学过程。 GSEA 工具主要包括 GSEA 软件和一些在线分析平台。GSEA 软件是最常用的 GSEA 分析工具,它可以通过对基因表达数据进行富集分析,找到与表型...
它通过将基因分成不同的基因集,并计算每个基因集在不同条件下的富集程度,从而确定哪些基因集与特定生物学过程或通路相关联。 GSEA是一种无假设的方法,不需要预先选择差异表达基因,而是基于整个基因集的表达模式进行分析。这使得GSEA能够发现那些在单个基因水平上可能被忽略的重要生物学过程。 2. 什么是Hallmark基因集?
首先简单介绍一下GSEA,它是2005年在PNAS上发扬光大的方法,沿用至今,目的是看差异表达的基因在哪些基因集中富集。相比于Over-representation只关注显著差异表达的基因,GSEA分析纳入所有基因,将一些微弱但不显著的效应考虑在内。假设做了AHBA的10000个基因表达和大脑表征相关,其中300个基因经过检验是显著相关的,ORA富集分析...