在Molecular Signature Database选项页面选择下载所需的基因集。依照文献,我这里下载H:hallmark gene sets(包含50个gene sets)、KEGG subset of CP两个基因集,点击Gene Symbols,下载基因ID为Symbol号的gmt格式文件,如下。 而KEGG subset of CP包含186个基因集,包含于C2: curated gene sets中,下载方法相同。 接下来...
基因集文件的准备相对比较复杂,我用到的是KEGG的通路基因集,也可以用GO的的基因集,甚至可以自己创造一个,只需要满足上图所示的文件格式。下面介绍一下如何从KEGG网站上下载某物种(小鼠)的基因集信息。 首先,在KEGG数据库中下载小鼠的KEGG通路数据库文件 image.png image.png image.png image.png image.png 大家可...
KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes):是一个综合的生物信息学数据库,主要关注生物通路和代谢途径。KEGG富集分析用于识别基因集中富集的生物学通路,有助于理解基因集在细胞生物学过程中的功能。 GO(Gene Ontology):是一个用于描述基因和基因功能的标准化词汇数据库。GO涵盖了生物学过程(Biological Process)、...
基因集。用户可以自行定义基因集上传，或者选择GSEA上储存的来自GO\KEGG的注释基因集 基因集可在记事本上...
GSEA分析简单逻辑就是:根据目标基因(单个基因)与其他基因之间的相关性,获得与目标基因具有高相关的基因集,再根据基因集进行GO和KEGG富集分析。(PS:这是个人的理解,若有错误,请根据自己的理解分析即可) ##'@计算相关性 ##'@定义函数:获得目标基因与其他基因之间的P值和Cor值 batch_cor <- function(gene){ y...
在RNA数据分析的时候,常用的思路单分子的差异性分析,寻找有差异的基因,或者基因集然后做KEGG或者GO富集分析,这容易遗漏部分差异表达不显著却有重要生物学意义的基因,忽略一些基因的生物特性、基因调控网络之间的关系等有价值的信息。 GSEA:基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis),使用已定义的基因集, GSEA不需要...
传统的KEGG(通路富集分析)和GO(功能富集)分析时,针对总体的差异基因,不区分哪些差异基因是上调还是下调。所以会出现同一通路下富集到的的既有上调差异基因,也有下调差异基因,无法判断这条通路表现形式究竟是怎样。 而GSEA考虑了基因的表达水平,不需要明确指定差异基因阈值,检验的是基因集而非单个基因的表达变化,算法会...
1)MSigDB官网以及GSEA软件自带的基因集,大部分是有的,但是比KEGG官网上少了很多,官网也有一直在更新,MSigDB官网和GSEA软件没有跟上 2)自己去官网下载制作,生信技能树之前有提到过 3)最近看到python爬取KEGG数据库的,使用更方便,研究中…… 二.软件使用
写此文档的缘由:在做GSEA分析时,由于研究的是非模式生物,从Broad Institue开发的MSigDB没有找到合适的预设基因集,没办法顺利进行GSEA. 但是KEGG数据库收录有目标物种。几经折腾,终于跑上了GSEA. 写此文档为其他研究非模式生物的人员提供一点借鉴。 以大熊猫为例: ...
运用R包,完成动态调整的GO,KEGG,GSEA富集分析插件,简化生信分析的过程。, 视频播放量 1492、弹幕量 0、点赞数 22、投硬币枚数 22、收藏人数 69、转发人数 1, 视频作者 自在小木屋, 作者简介 闭眼既星空,相关视频:Tbtools插件,转录组上游与下游插件分享,GO\KEGG富集