分群聚类、富集分析、拟时序、RNA速率分析、细胞通讯分析 4568 1 03:59 App 三分种学会使用Cytoscape筛选hub基因,使用cytoHubba插件进行hub基因筛选的教程 5053 4 09:49 App 零基础生信分析教程:R、Rstudio、Rtools的下载、安装与软件配置 781 0 04:23 App 79. 快速入门GO,KEGG富集分析圈图...
GSVA(Gene Set Variation Analysis):也是一种基于基因表达数据的功能富集分析方法,类似于GSEA。GSVA将基因表达数据映射到预定义的基因集合上,计算每个样本在每个基因集上的富集得分,与GSEA不同的是,它不需要将样本预先分组和做差异分析。 富集分析 详解KEGG富集分析原理以及R语言实现和绘图详解GO富集分析原理以及R语言实...
GSEA_input <- info_merge$Log2FoldChange names(GSEA_input) = info_merge$ENTREZID GSEA_input = sort(GSEA_input, decreasing = TRUE) GSEA_KEGG <- gseKEGG(GSEA_input, organism = KEGG_database, pvalueCutoff = 0.05)#GSEA富集分析 可执行GSEA查看GSEA分析的结果,也可以保存到本地. 3. GO_KEGG_G...
运用R包,完成动态调整的GO,KEGG,GSEA富集分析插件,简化生信分析的过程。, 视频播放量 1452、弹幕量 0、点赞数 22、投硬币枚数 22、收藏人数 68、转发人数 1, 视频作者 猫之喵呜, 作者简介 闭眼既星空,相关视频:40多分的自噬、成纤维细胞国自然课题设计思路,29(附代码
那么这样我们就用4行代码完成了GO和kegg的富集分析。 后面我在bioconductor的Rscript里还发现这包还能玩GSEA富集...(TM好强啊我去) 代码也是极其简单的: gmtfile <- system.file("extdata", "c5.cc.v5.0.entrez.gmt", package="clusterProfiler") c5 <- read.gmt(gmtfile)#前面俩行大概就是来选择GSEA的数...
本地的KEGG分析参考文章:KEGG数据库使用及通路分析教程,GO参考文章:FunRich数据库:一个主要用于基因和蛋白质的功能富集以及相互作用网络分析的独立的软件工具,当然该工具不止可以进行富集分析,具体去看文章吧。 这里就先介绍一下本地GSEA分析 我们前文说过,GSEA分析是基于表达矩阵的。所以我们首先得有一个基因表达矩阵...
clusterProfiler 是Y叔写的一个R包,可以用来做各种富集分析,如GO、KEGG、DO(Disease Ontology analysis)、Reactome pathway analysis以及GSEA富集分析等。而除了富集分析,他还可以非常方便的对富集分析结果进行可视化。这里使用clusterProfiler进行GO、KEGG以及GSEA富集分析。
多个亚群各自merker基因联合进行GO以及KEGG分析 在前面几节我们已经知道各个细胞亚群的maerker基因,接下来我们对这些marker基因进行功能注释和富集分析。 读取数据 代码语言:javascript 复制 rm(list=ls())library(Seurat)library(gplots)library(ggplot2)load('sce.markers.all_10_celltype.Rdata') ...
单细胞各个亚群基因按照平均表达量排序后gsea分析 (qq.com) 单细胞各个亚群特异性高表达基因的数据库注释(包括GO,KEGG,ReactomePA) (qq.com) ClusterProfiler包进行KEGG富集报错 1.GO,KEGG,ReactomePA富集分析 根据生信技能树的教程 (1). 先加载Seurat对象后进行取基因平均表达量 ...
不但支持基因功能富集分析,更可进行代谢组数据的功能富集分析;且出图结果非常丰富,一次运行,即可得kegg map、富集圈图、kegg网络图、富集条形图等等。 链接:https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/pathwaygseasenior 02 动态kegg富集分析 动态kegg富集分析同样支持基因数据及代谢组数据进行富集分析!且可以在线筛选...