setwd("G:/silicosis/geo/GSE103548_rna-seq_llc_mle-12/GSE164160_CMT64_TGFB_Alveogenic lung carcinoma/") syndecan_fibrosis=openxlsx::read.xlsx("G:/silicosis/geo/GSE103548_rna-seq_llc_mle-12/GSE164160_CMT64_TGFB_Alveogenic lung carcinoma/GSE164160_RAW/GSM4998575_TGFb_1.clean_trimmed_GE_.xls...
通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术,分析了在雄性和雌性小鼠中生长的实验性GL261胶质瘤中的GAMs,揭示了小胶质细胞(MG)、单核细胞/巨噬细胞(Mo/MΦ)和CNS BAMs的不同转录程序。 实验模型: 采用了小鼠同种异体GL261胶质瘤模型,因为GL261细胞建立的肿瘤能够重现人类胶质母细胞瘤(GBM)的许多特征,并且经常用于胶质瘤...
生信技能树——GEO转录组RNA_seq_GSE162550 和生信技能树GEO转录组“GSE150392“分析类似,唯一区别就是在数据处理和ID转换这一环节略微有区别 1.数据下载 最方便的是xena。可以网页下载,也可以用代码下载。 proj = "DHA" 2.生存信息与临床信息 这里仅仅是查看一下,到生存信息部分再整理。 library(GEOquery)...
比较不同流程(limma/voom,edgeR,DESeq2 )差异分析的区别 数据分析https网络安全 距离第一次听说生信已经十几年了,现在是邋遢大叔重新开始学代码,精力确实已不像从前,各位入坑还是要乘早。后来约莫在5年前,课题组当时有个RNA-Seq数据,lab meeting时听瑞典小哥在汇报DEGs筛选,当时感觉好是神奇。其实陆陆续续也有过...
从手术切除后立即处理的人类卵巢(patient1-5)和子宫内膜肿瘤共计11个样品,进行单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq分析 数据链接是:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE173682 文章数据是包含了scRNA-seq以及scATAC-seq数据,我们只选择下载scRNA-seq进行分析 ...
RNA-seq共有22个测序文件;ATAC-seq共有2个测序文件;ChIP-seq共有9个测序文件。 2.ChIP-seq数据处理 2.1 使用trim_galore自动去接头 这个数据貌似已经经过质控了,因此这步貌似可做可不做。G没有去接头时,比对上的比例还是能够达到95%以上,还是不错的。
Bulk转录组差异分析常用的R包为DESeq2(适用于RNA-Seq数据的负二项分布建模)、EdgeR(适用于计数数据的广义线性模型)和limma(用于微阵列和RNA-Seq数据的线性模型分析)。单细胞常用的是Seurat包内置FindMarkers函数。 单细胞测序技术通过在单个细胞水平上对基因表达进行定量分析,能够揭示细胞群体内部的异质性和复杂性。进...
GSE编号通常会出现在使用高通量测序技术（如RNA-seq）进行基因表达分析得到的数据集中。研究人员可以将其所得的基因表达数据上传至NCBI（美国国家生物技术信息中心）的Gene Expression Omnibus（GEO）数据库，并获得一个唯一的GSE编号以供引用和检索。使用GSE编号可以方便地访问和下载特定的基因表达谱数据集，...
因为,这个是RNA-seq数据,作者会把自己的表达矩阵变成Excel表格,方便大家探索! image.png 记住,我这里强调了是作者自己的表达矩阵,因为RNA-seq数据分析流程还不一样!参数不一样,软件不一样,数据库不一样,而且最后的表达矩阵的表现形式又不一样!是原始的counts还是RPKM,TPM都不一样!如果作者确实不上传其表达矩阵,...
对GSEXXX_RAW.tar解压后的GSEXXX_RAW目录下RNAseq测序数据的多样本的合并处理 教学视频教程 RNAseq测序数据目录下多样本的合并处理: https://www.bilibili.com/video/BV1p7421o7nX/ 参数解释 func_gene__name__col: 基因id所在的列 func_value__col__position: 表达值所在的列 ...