head(data62627) tmp = by(data62627, ids$symbol, function(x) rownames(x)【which.max(rowMeans(x))】) probes = as.character(tmp) dim(data62627) data62627 = data62627【rownames(data62627) %in% probes,】 # ???ж??? dim(data62627) row...
下面我们将结合示例演示如何使用这些方法解决“invalid or incomplete compressed data”错误。我们将以GSE123456数据集为例进行演示。 UnzipReadDataDone 首先,我们下载并保存GSE123456数据集的压缩文件到本地。 使用unzip函数或ungzip函数解压文件。 # 使用unzip函数解压文件file_path<-"path/to/GSE123456.gz"unzip(file...
dat[1:4,1:4]#查看dat这个矩阵的1至4行和1至4列,逗号前为行,逗号后为列 pd=pData(a)#通过查看说明书知道取对象a里的临床信息用pData pd就是这个数据集的临床信息,查看后如下 会发现有些信息是冗余的,有些是有效信息可以用来分组,但是表型记录太多,看起来会混淆,所以需要去除那些冗余信息,就是在所有样本...
分析前准备 BiocManager::install(c("affy","affyPLM","RColorBrewer","impute","limma","pheatmap")) setwd("D:\\3-R\\1-GEOWORK\\GSE79973_RAW") #自己设定 BiocManager::install("hgu133plus2cdf") #调用R包 library(affyPLM) #载入数据 Data<-ReadAffy() #对数据集进行回归计算 Pset<-fitPLM (...
D:/omics_tools/demo_data/GSE228854_RAW/ 下的文件内容 运行窗口展示 参数解释 func_method : CEL芯片标准处理的方法 nested_function: 是否嵌套函数 run_file_path:要进行数据处理的文件路径 run_read_file: 是否要读取文件,默认是FALSE run_add__res__dir: 是否要给出保存文件的前缀,默认是TRUE ...
Get GSE data tables from GEO into R data structures.Sean Davis
组:GeneSys Export Data 的GSE文件扩展名可以指涉及一种应用程序调用的Genesys的数据文件。创惟被Psytech国际为Microsoft Windows操作系统开发的。它是专为得分,管理和广泛的职业评估的解释通过计算机。包含在该GSE文件数据导出的数据。 开发商:Psytech International ...
2.1直接下载rawdata(老的数据cel格式,不推荐用;最新的芯片数据很多直接给的是count数据和FPKM数据,推荐使用,然后用read.table来进行读取) 2.2下载表达矩阵Series Matrix再读入 a = read.table(file="/Users/jeanko/Downloads/原版代码/GSE7476_series_matrix.txt.gz", ...
pd<-pData(eSet[[1]])# class(pd) #是一个data.frame# dim(pd) #6行 34列#(3)调整pd的行名顺序与exp列名完全一致:用identical函数 p=identical(rownames(pd),colnames(exp));p #输出结果是TRUE就不需要调整if(!p)exp=exp[,match(rownames(pd),colnames(exp))]#用match函数根据pd的行名来调整exp...
注意:此命令只需修改"This service is offline."引号内的字符即可,1100000为内置的data_id,不可以修改。 版本要求:/usr/local/gse_bkte/plugins/bin/gsecmdline -v 输出版本需>= 2.0.2,如版本不满足要求,请到节点管理更新二进制 windows用法: c:/gse_bkte/plugins/bin/gsecmdline.exe -d 1100000 -l "This...