在这里输入GSE ID GSE_ID=$1 使用wget下载GEO数据 wget -r ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/$GSE_ID/data/ 通过这样的脚本,你可以方便快捷地下载所需的GEO数据。如果你对生物信息技术感兴趣,持续关注相关资源,可以关注我的“生物信息技术”公众号,共同探索生命科学的深度内容。
GSE数据文件通常是以.soft或.soft.gz为扩展名的文本文件,其中包含了实验信息和基因表达数据。 # 使用read.delim函数读取GSE数据文件gse_data<-read.delim(paste0(gse_id,".soft.gz"),stringsAsFactors=FALSE) 1. 2. 3. 预处理数据 在读取GSE数据文件后,我们需要对数据进行预处理,包括数据清洗、数据格式转换等...
download.file(url = paste0("https://gdc./download/",proj,".GDC_phenotype.tsv.gz"),destfile = paste0("input/",proj,".GDC_phenotype.tsv.gz"))##临床数据 download.file(url = paste0("https://gdc./download/",proj,".survival.tsv"),destfile = paste0("input/",proj,".survival.tsv")...
部件名XTX-945GSE 功能描述XTXCPUModuleWithOnboardIntelAtomN270Processor Download2 Pages Scroll/Zoom 100% 制造商AAEON [AAEON Technology] 网页http://www.aaeon.com 标志 类似零件编号 - XTX-945GSE 制造商部件名数据表功能描述 AAEON TechnologyXTX-915 ...
library(data.table) #如果需要下载TCGA其他癌种,请更换proj proj ="TCGA-STAD" dir.create("input") 在R中利用代码一键下载TCGA数据库胃癌患者的表达数据及临床数据,并将下载好了数据存放在input文件夹: if(T){ download.file(url = paste0("https://gdc.xenahubs.net/download/",proj,".htseq_counts.ts...
📥 Download historical data african indices BRVM-CI267.33-0.62%11/10 BSE DCI9,791.81+0.87%11/10 DSE ASI2,143.71-0.04%11/10 EGX 3030,762.32-1.33%10/10 GSE-CI4,346.70+0.07%11/10 JSE ASI86,149.44+0.89%11/10 LuSE ASI15,933.13+0.18%11/10 ...
func_write_download_status:将下载和数据处理是否成功的信息写入到file_path中,默认是TRUE nested_function:是否嵌套函数 run_file_path:要自动批量下载和处理的带有gse_id列表的文件路径,例如:D:/omics_tools/demo_data/gse_list_info.csv run_read_file:是否要读取文件 run_add__res__dir:是否要新建结果目录...
GSE Ghana | GSE Composite Index performance, chart, value, financial news, listed companies, market information, market data.
下载RAW data 下载后的文件是txt.gz结尾的 image-20190804040439655 下载数据后,处理的代码如下 rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)# 下载GSE126789_RAW.tar# 批量读取文件处理为表达矩阵dir<-"/Users/mengmeng/Downloads/GSE126789_RAW/"#上一步下载的文件路径files<-list.files(path=dir,pattern="*wwp1...
Download a GSE record from GEOUmesh K. Nandal