Tutorial 5: Protein-Ligand Complex Tutorial 6: Free Energy of Solvation Tutorial 7: Virtual Sites These tutorials are designed as introductory material into using the GROMACS simulation package. GROMACS is free, open-source software, and has consistently been one of the fastest (if not the faste...
1、这是从官网的教程完成的任务(gromacs5.x tutorial),按照官网的步骤完成的。 注意的是不能随便的复制粘贴贴,不然很多时候会出现input error 的,因为 这可能是你忘记下载对应的文件了,有几个mdp文件要进行下载的,比如ntp.mdp。 点击官网的教程里面的链接可以直接打开对应的文件,复制对应的内容到编辑器 另存为对...
返回:拓扑 下一步:添加离子 GROMACS Tutorial Step Four: Adding Ions We now have a solvated system that contains a charged protein. The output of pdb2gmx told us that the protein has a net charge of +8e (based on its amino acid composition). If you missed this information in the pdb2g...
gromacs5.x教程这是从官网的教程完成的任务(gromacs5.xtutorial),按照官网的步骤完成的。 注意的是不能随便的复制粘贴贴,不然很多时候会出现input error 的,因为 这可能是你忘记下载对应的文件了,有几个mdp文件要进行下载的,比如ntp.mdp。点击官网的教程里面的链接可以直接打开对应的文件,复制对应的内容到编辑器 ...
返回:拓扑下一步:添加离子 GROMACSTutorial StepFour:AddingIons Wenowhaveasolvatedsystemthatcontainsachargedprotein.Theoutputofpdb2gmxtoldus thattheproteinhasanetchargeof+8e(basedonitsaminoacidcomposition).Ifyoumissed thisinformationi 22、nthepdb2gmxoutput,lookatthelastlineofyour atoms directiveintopol.top...
因为自己在学习gromacs的时候是在油管上看的视频,但基本都是gromacs tutorial里的水中的溶菌酶这个第一个教程,所以想着把蛋白质配体复合物的模拟做个记录,可能会有不严谨或者错误的地方,多多包涵。如果能稍微帮到自学gromacs的人就太好了。知识 野生技能协会 蛋白质 分子动力学模拟 ...
对有非标准残基的蛋白质做蛋白质-配体分子动力学http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=29955&fromuid=9594(出处: 计算化学公社) GROMACS Tutorial 1-Lysozyme in Waterhttp://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/index.html
It is a mere proof of concept. One should see how ACPYPE is trying to do it in HowAcpypeWorks. If you have suggestions about how to improve this tutorial, please send a comment (at the bottom of the page). NB:Besidesacpype,antechamberandbabel, you will need GROMACS with ffAMBER. GROMA...
搜索gmx tutorial即可，配位可以，但是成键模拟不出来
搜索gmx tutorial即可，配位可以，但是成键模拟不出来