4）gmx tune_pme，这是gmx的一个程序，可以系统的优化PME参数，在给定总的Rank数情况下优化计算PME的...
gmx morph - 构象间的线性内插 gmx pme_error - 根据给定的输入文件估计使用 PME 的误差 gmx sham - 根据直方图计算自由能或其他直方图 gmx spatial - 计算空间分布函数 gmx traj - 输出轨迹文件中的坐标 x, 速度 v, 力 f, 盒子, 温度和转动能 gmx tune_pme - 计算 mdrun 的运行时间与 PME 进程数的关...
4）gmx tune_pme，这是gmx的一个程序，可以系统的优化PME参数，在给定总的Rank数情况下优化计算PME的...
在mdrun命令中,使用-cpi参数指定检查点文件的输入路径,使用-cpo参数指定检查点文件的输出路径。 使用GROMACS的Tuning工具:GROMACS提供了一个名为gmx_tune_pme的工具,可以帮助你找到最佳的PME(Particle Mesh Ewald)参数设置。这可以提高模拟性能和精度。 监控系统资源:在模拟过程中,密切关注系统资源(如CPU、内存和GPU使用...
F.88 gmx tune_pme:计算mdrun的运行时间与PME进程数的关系以优化设置 387-391 F.89 gmx vanhove:计算Van Hove位移及相关函数 391-392 F.90 gmx velacc:计算速度自相关函数 392-393 F.91 gmx view:在X-Windows终端显示轨迹 393-394 F.92 gmx wham:伞形抽样后进行加权直方分析 394-398 F.93 gmx wheel...
gmx tune_pme - 计算mdrun的运行时间与PME进程数的关系以优化设置(翻译: 嘉晔) 原始文档gmx wham - 伞形抽样后进行加权直方分析(翻译: 陈珂) 原始文档gmx check - 检查并比较文件(翻译: 冯佳伟) 原始文档gmx dump - 生成人类可读的二进制文件(翻译: 黄丽红) 原始文档gmx make_ndx - 制作索引文件(翻译: ...
convertxpmxpixelmapfilepostscript613gsham读写xmgr和xvgr数据集614gspatial计算空间分布函数615gselectselectsgroupsatomsbasedflexibletextualselections616gtunepmetimemdrunpmenodesoptimizesettingsdistancesbetweenstructures结构间的差距71grms计算与参考结构之间的均方根偏差及其矩阵72gconfrms叠合两个结构并计算其rmsd73g...
6-16g_tune_pmetime mdrun as a function of PME nodes to optimize settings 7Distances between structures结构间的差距 7-1g_rms计算与参考结构之间的均方根偏差及其矩阵 7-2g_confrms叠合两个结构,并计算其rmsd 7-3g_cluster团簇结构 7-4g_rmsf计算原子波动值 8Distances in structures over time随时间变化...
推结构旋转6-10 g_morph线性内插构象6-11 g_wham伞形抽样后加权直方分析6-12 xpm2psconvert xpm (xpixelmap) file to postscript 6-13 g_sham读/写 xmgr 和 xvgr 数据集6-14 g_spatial计算空间分布函数6-15 g_selectselects groups of atoms based on flexible textual selections 6-16 g_tune_pme...
4）gmx tune_pme，这是gmx的一个程序，可以系统的优化PME参数，在给定总的Rank数情况下优化计算PME的...