用来评判蛋白结构最常见的方式就是指认二级结构单元。可以使用dssp做到这一点,但是这个程序并不是gromacs的一部分。可以从http://swift.cmbi.kun.nl/gv/dssp/获取这个程序。gromacs提供了交互的接口,允许dssp对轨迹的每一帧进行分析。需要注意的是,从2020.3版本后才可以进行这个分析,2020.3之前的几个2020版本程序有问题。
需要先安装dssp，然后把dssp的可以执行文件所在路径赋值给环境变量DSSP，然后才能用gmx do_dssp ...
do_dssp可以统计属于某二级结构类型的残基数目,“-sss” 参数用于选择二级结构类型,“-sc“ 参数则把统计结果输出到 scount.xvg 文件中(其实这个文件包含了所有不同二级结构氨基酸残基数目,可以用 xmgrace 的“-nxy” 参数打开)。本程序还可以计算每一个残基的溶液可及化面积(Solvent Accesible Surface, SAS),以...
LINUX系统下一般已经有默认打开程序,WINDOWS要安装其他打开程序。GROMACS的DSSP等通过xpm2ps处理后都是这个文件格式。 M2P文件xpm2ps程序配置文件,定义输出eps文件中颜色,字体种类及大小等。 XPM文件数据矩阵文件(.xpm)。该文件矩阵中每个值即是矩阵点所表示的物理量大小(也可以是布尔值)。该文件其实就是二维图,可以...
e. 在工作目录下面输入命令 export DSSP=’usr/local/bin’ 运行: gmxdo_dssp -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -tu ns gmxxpm2ps -f ss.xpm -bx 0.1 -by 4 -o ss.eps (注:可以修改-bx -by后面的参数改横纵坐标的长度,ss.eps文件可用ps打开,另存为普通照片格式的图片) ...
EPS文件:封装文件格式(.eps),并不是GROMACS自身文件格式,可以当图片打开。LINUX系统下一般已经有默认打开程序,WINDOWS要安装其他打开程序。GROMACS的DSSP等通过xpm2ps处理后都是这个文件格式。 M2P文件xpm2ps程序配置文件,定义输出eps文件中颜色,字体种类及大小等。
封装文件格式(.eps),并不是GROMACS自身文件格式,可以当图片打开。LINUX系统下一般已经有默认打开程序,WINDOWS要安装其他打开程序(可以GOOGLE以下)。GROMACS的DSSP和罗麽占陀罗图等通过xpm2ps处理后都是这个文件格式。习惯就好。 M2P文件 xpm2ps程序配置文件,定义输出eps文件中颜色,字体种类及大小等。
GROMACS支持多种文件格式，以满足不同阶段和需求的数据存储。CPT文件，即模拟断点文件，记录模拟系统信息，用于恢复中断的模拟或延长计算。EDR文件记录能量数据，如相互作用能量等。EPS文件并非GROMACS原生，通常用于存储处理后的图形，如DSSP的输出。G87和G96是两种坐标文件，前者仅含原子坐标和速度，后者精度...
GROMACS的DSSP等通过xpm2ps处理后都是这个文件格式。 G87文件:分子坐标文件(.g87)。该文件记录并只记录原子坐标和速度,不含原子序号。并只记录常压强模拟系统的盒子信息。 G96文件:分子坐标文件(.g96)。GROMOS96程序的分子坐标文件,模拟程序以C语言格式写入,精度较高,但是会比较大。包含有文件头,时间步,原子...
封装文件格式(.eps),并不是GROMACS自身文件格式,可以当图片打开。LINUX系统下一般已经有默认打开程序,WINDOWS要安装其他打开程序(可以GOOGLE以下)。GROMACS的DSSP和罗麽占陀罗图等通过xpm2ps处理后都是这个文件格式。习惯就好。 M2P文件 xpm2ps程序配置文件,定义输出eps文件...