MATCH 是一种能够自动生成小分子 CHARMM 力场参数的工具,其与 SwissParam 数据库结合,可以高效完成复杂小分子参数化工作。结合 GROMACS 的强大模拟功能,这一流程不仅简化了蛋白-配体体系的准备步骤,还提升了模拟的可靠性和精度,为深入探究生物分子间的相互作用提供了坚实的基础。本文将详细介绍如何使用 pdb2gmx 为蛋白...
名字编号是最初使用这种力场的CHARMM版本得名的。 CHARMM27:适用于核酸和脂(膜)。与22结合可以混合使用模拟蛋白+核酸体系。应当用TIP3P,是在这种水模型下拟合的。 CHARMM General Force Field(CGenFF):用于药物类小分子,也可视为通用有机小分子力场。可结合其它CHARMM全原子力场使用。 CHARmm:CHARMM的商业版本,归Ac...
众所周知,在分子动力学模拟中,保证模拟结果精确性的最重要因素之一就是力场的准确性,尤其是非键相互作用和电荷的准确性。对于核酸和蛋白质等体系,Gromacs拥有自带的力场包例如amber、charmm以及opls可以自动识别并提供相应的参数和电荷,这些参数经过开发者的测试具有较高准确性。但是对于一些非常见的分子例如配体等力场的...
我使用cellulose-builder构建了7条纤维素链，在gromacs中用最新的charmm36力场处理纤维素时，遇到了以下...
CHARMM作为一种全原子分子力场,必须要有全部的H原子。晶体结构中通常不会包含H原子的坐标,因此要手动添加。为了生成.mol2文件并添加H原子,使用Avogadro程序。在Avogadro中打开jz4.pdb,从“Build”菜单中,选择“Add Hydrogens”。Avogadro会自动给JZ4加上所有的氢原子。保存为.mol2文件。(注:译者使用OpenBabel-3.1....
众所周知,在分子动力学模拟中,保证模拟结果精确性的最重要因素之一就是力场的准确性,尤其是非键相互作用和电荷的准确性。对于核酸和蛋白质等体系,Gromacs拥有自带的力场包例如amber、charmm以及opls可以自动识别并提供相应的参数和电荷,这些参数经过开发者的测试具有较高准确性。但是对于一些非常见的分子例如配体等力场的...
GROMACS支持多种力场,而力场的选择通常取决于模拟系统中的分子种类。以下是一些GROMACS中常用的力场以及适用的情境: 1.GROMOS Force Field: 适用于生物大分子如蛋白质、核酸等的模拟。 2.OPLS-AA (Optimized Potential for Liquid Simulations All Atom): 适用于溶液中的有机小分子和生物大分子。 3.CHARMM (...
3. GROMACS可用的蛋白质力场 3.1 AMBER力场 AMBER力场是最广泛使用的蛋白质力场之一,适用于广泛的蛋白质类型。它有多个版本可供选择,例如AMBER94、AMBER99和AMBER03。AMBER力场的优点是经过广泛实验验证,具有较好的可重现性。 3.2 CHARMM力场 CHARMM力场适用于描述蛋白质的原子间相互作用力。它有多个版本可供选择,例如...
Gromacs模拟教程之力场和电荷处理 Gromacs作为一个经典的分子动力学模拟软件,因其精度高,使用便捷等优点被广泛使用。众所周知,在分子动力学模拟中,保证模拟结果精确性的最重要因素之一就是力场的准确性,尤其是非键相互作用和电荷的准确性。对于核酸和蛋白质等体系,Gromacs拥有自带的力场包例如amber、charmm以及opls可以...
今天读到sob老师帖子,发现了Gromacs支持的力场获取更新的方式。程序编译时自带的力场是不更新的,在以下网址可以手动获取最新的四大力场的Gromacs包,解压到top目录里直接就能用。 CHARMM36力场(目前最新的CHARM…