就下来重点关注JZ4配体,即2-丙基苯酚(2-propylphenol)。 如果你需要一个处理好的.pdb文件来验证你做的结果,可以从这里下载。现在面临的问题是GROMACS提供的所有力场都不能识别JZ4配体,所以你用pdb2gmx程序处理该文件时会提示错误。GROMACS中只有力场中.rtp (residue topology)中出现过的分子才能自动识别。所以接下来...