将这三个文件剪切至工作目录中。 4. 构建复合体及拓扑 构建复合体: 将3HTB_processed.gro复制后粘贴,重命名为complex.gro。将jz4.gro中的内容插入到3HTB_processed.gro中的蛋白原子之后,盒向量之前,并修改第二行的原子总数(修改为蛋白和小分子的原子总和) 绿色部分是加进来的部分.png 修改第二行的总和数 构建...
posre.itp protein.pdb protein_processed.gro topol.top 04 定义单位盒子并填充溶剂 使用editconf来定义盒子,命令如下: gmx editconf -fprotein_processed.gro -o pro_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic其中-c表示将蛋白质放在盒子中心,-d 1.0表示蛋白质距离盒子边缘至少1埃距离,-bt表示盒子形状为立方体。
15: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals) 这里选择力场AMBER99来处理蛋白质,键入4回车,检查生成文件应该包含如下内容: posre.itp protein.pdb protein_processed.gro topol.top 04 定义单位盒子并填充溶剂 使用editconf来定义盒子,命令如下: gmx editconf -fprotein_processed.gro -o pro_...
1）研究配体-受体复合物体系的相互作用机制，例如相互作用模式、诱导契合效应、蛋白 骨架运动；2）预测活...
1. vmd看复合物（多肽-蛋白）是否跑散：先用-pbc whole处理保证每个分子完整性（如gmx trjconv -s ...
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一般的蛋白-配体分子对接讲解 1.对接的相关理论介绍 1.1分子对接的概念及基本原理 1.2分子对接的基本方法 1.3分子对接的常用软件 1.4分子对接的一般流程 2.常规的蛋白-配体对接 2.1收集受体与配体分子 2.2复合体预构象的处理 2.3准备受体、配体分子 2.4蛋白-配体对接 ...
二、蛋白质结构的GROMACS分子模拟实验教程 GROMACS分子模拟基础实验教程(1)-运行环境准备mp.weixin.qq...