输出解析:通过GPTCelltype自动生成细胞类型名称,并与人工注释比对。 模拟实验 混合/新细胞类型识别:随机组合标记基因模拟混合类型或未知类型。 噪声测试:通过子采样或添加随机基因模拟低信噪比数据。 可重复性:多次查询相同基因集,评估结果一致性。 4. 研究结果 性能优势 高一致性:75%以上细胞类型与人工注释完全或部分...
考虑到GPT-4可以高效、无缝的整合到现有的单细胞分析流程中去,因此作者开发了GPTCelltype并系统性评估了GPT-4在十个数据集(包含正常细胞与肿瘤细胞)中的细胞注释表现情况。从示意图(Figure 1a)可以看出,依赖GPT4进行scRNA-Seq的细胞注释好处有:无需生物学专业知识、无需代码知识、无需参考数据集、人工成本低、分析...
obj@meta.data$celltype<-as.factor(res[as.character(Idents(obj))])# Visualize cell type annotation onUMAPDimPlot(obj,group.by='celltype') 而且如果你打开这个GPTCelltype包源代码,发现其实确实是很简单的,就是把在r里面的各个单细胞亚群的基因组合起来后通过api接口给到chatGPT而已,并不需要你去复制粘贴...
res <- gptcelltype(markers, model = 'gpt-4') # Assign cell type annotation back to Seurat object obj@meta.data$celltype <- as.factor(res[as.character(Idents(obj))]) # Visualize cell type annotation on UMAP DimPlot(obj,group.by='celltype') 而且如果你打开这个GPTCelltype包源代码,发现其...
在朋友圈刷到了一个(Published: 25 March 2024)的文章:《Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis》,题目短小精悍,就两个作者,关键是发表在《Nature Methods》杂志,算是生信顶刊了。 GPTCelltype做单细胞亚群注释流程 ...
GPTCelltype: Automatic cell type annotation with GPT-4 Installation To install the latest version of GPTCelltype package via Github, run the following commands in R: install.packages("openai") remotes::install_github("Winnie09/GPTCelltype") ...
当对数百种组织和细胞类型进行评估时，GPT-4 生成的细胞类型注释与手动注释表现出很强的一致性。此功能可以大大减少细胞类型注释所需的人类专家工作量和专业知识。并且，研究人员还为 GPT-4 的自动细胞类型注释开发了 R 软件包 GPTCelltype。该研究以「Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell ...
研究团队开发一个R软件包GPTCelltype,用于GPT-4的自动细胞类型注释,并将GPT-4与GPT-3.5,以及CellMarker2.0、SingleR和ScType这几种适用于大量组织的自动细胞类型注释方法进行比较。然后评估这些注释结果与原始研究提供的手动注释的一致性。 G...
研究中,研究团队开发了一款名为GPTCelltype的R软件包,专门用于实现GPT-4自动化细胞类型标注的功能。通过对数百种组织和细胞类型的评估,GPT-4生成的细胞类型标注与手动标注展现出了强大的一致性,显著减少了细胞类型标注所需的努力和专业知...
这一功能有望大大减少注释细胞类型所需的工作量和专业知识,以往的注释过程可能需要数月时间。此外,研究人员还开发出GPTCelltype(R语言软件包),方便人们使用GPT-4进行细胞类型自动注释。 哥伦比亚大学的生物统计学助理教授Wenpin Hou博士表示:“尽管自动化的细胞注释方法已被开发出来,但解释科学数据的手动方法仍然在广泛...