会员中心 VIP福利社 VIP免费专区 VIP专属特权 客户端 登录 百度文库 期刊文献 图书gene ontology (go) term enrichment analysisgene ontology (go) term enrichment analysis:基因本体论术语富集分析 ©2022 Baidu |由 百度智能云 提供计算服务 | 使用百度前必读 | 文库协议 | 网站地图 | 百度营销 ...
因为topGO只用于GO的富集分析,且是半自动化的,推荐使用更方便的在线工具KOBAS-i;KOBAS-i 备用;GOEAST; 或者功能更完善的clusterProfiler包,参考博客:clusterProfiler包。 2.2. GO term GO term分为三大类: cellular component(CC)-细胞成分(其中基因产物位于细胞内部) molecular function(MF)-分子功能(基因产物的功能...
GO分析是一个松散的层次结构,其子GO term比父GO term更具体,不过与严格的层次结构不同,一个GO term也许有不止一个父GO term,比如biological process term "hexose biosynthesis" 有两个parents,它们分别是 "hexose metabolism"和"monosaccharide biosynthesis",这是因为生物合成是代谢的一种,而己糖又是单糖的一种。
将P值进行进一步多重检验校正,得到corrected-pvalue (Qvalue)。通常设置Q≤0.05为在差异表达基因中显著富集的GO term。 基迪奥GO富集结果展示 (2)GSEA:Gene Set Enrichment Analysis(GSEA)是一种基于基因集的富集分析方法。它不依赖于单个基因的表达差异,而是考虑整个基因集在转录组数据中的排序。GSEA通过计算一个富...
GO功能分析:是将鉴定到的所有蛋白质集合或者筛选出的差异表达蛋白质进行功能注释,将各个蛋白注释到不同的功能条目中,并进行统计分析。 GO功能富集分析 (GO Enrichment Analysis):是针对差异表达蛋白进行的功能注释,确定差异表达蛋白质显著富集的GO功能条目,从而得知生物学处理对哪些功能、生物学过程有显著影响。
概念(concepts):一个本质的概念就是我们对某一个基因其产物的功能注释结果的描述,在GO注释中,一个概念就是一个具体到某一个GO id编号的Term词条。 关系(relationship):在Go注释系统中,两个词条之间可以存在有is_a,part_of,has_part以及regulates这4种关系。如果将词条看作为一个节点,词条间的关系看作为两个节点...
可以看到各个GO term子集的GO ID以及GO功能,连线的不同颜色代表不同的隶属关系,方框中的颜色条也代表不同物种等属性,这个具体的说明图例已经给出来了,如下: 92.jpg 展示二:Enrichment analysis 93.jpg 提交,结果如下: 点选图标,可以以图表格式查看,比如选择通路(pathway) ...
可以看到各个GO term子集的GO ID以及GO功能,连线的不同颜色代表不同的隶属关系,方框中的颜色条也代表不同物种等属性,这个具体的说明图例已经给出来了,如下: 92.jpg 展示二:Enrichment analysis 93.jpg 提交,结果如下: 点选图标,可以以图表格式查看,比如选择通路(pathway) ...
如何用R软件做GO term enrichment分析
一般GO富集分析后会看到这样的表格，第一列表示GO的三个levels，ID表示 GO数据库ID，Decription：表示该GO term的功能描述，GeneRAatio：富集到该term里的差异基因数/全部差异基因数，BgRatio：该term的全部基因数/该物种全部有GO注释信息的基因数，pvalue是p值，p.adjust表示矫校正过的p值，qvalue是q值，geneID...