因为topGO只用于GO的富集分析,且是半自动化的,推荐使用更方便的在线工具KOBAS-i;KOBAS-i 备用;GOEAST; 或者功能更完善的clusterProfiler包,参考博客:clusterProfiler包。 2.2. GO term GO term分为三大类: cellular component(CC)-细胞成分(其中基因产物位于细胞内部) molecular function(MF)-分子功能(基因产物的功能...
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GO分析是一个松散的层次结构,其子GO term比父GO term更具体,不过与严格的层次结构不同,一个GO term也许有不止一个父GO term,比如biological process term "hexose biosynthesis" 有两个parents,它们分别是 "hexose metabolism"和"monosaccharide biosynthesis",这是因为生物合成是代谢的一种,而己糖又是单糖的一种。
如何用R软件做GO term enrichment分析
有一个term注释了100个差异表达基因参与了哪个过程,注释完之后(模式生物都有现成的注释包,不用我们自己注释),计算相对于背景它是否显著集中在某条通路、某一个细胞学定位、某一种生物学功能。 二、使用clusterProfiler进行GO/KEGG富集分析 1. R包clusterProfiler介绍 ...
GO term enrichment analysis using DAVID.YaoZhong LiuYu ZhouLei ZhangJian LiQing TianJiGang ZhangHongWen Deng
GO注释通过将特定基因或其产生的蛋白质与GO term相对应,指出这些基因产物具备GO term所定义的功能属性。每一项GO注释都基于实验数据或计算预测等证据,以确保这些指出的准确性。由于每个GO注释只涵盖基因功能的单个特征,因此通常需要多个GO注释才能完整地描述基因产物的功能。
可以看到各个GO term子集的GO ID以及GO功能,连线的不同颜色代表不同的隶属关系,方框中的颜色条也代表不同物种等属性,这个具体的说明图例已经给出来了,如下: 92.jpg 展示二:Enrichment analysis 93.jpg 提交,结果如下: 点选图标,可以以图表格式查看,比如选择通路(pathway) ...
有一个term注释了100个差异表达基因参与了哪个过程,注释完之后(模式生物都有现成的注释包,不用我们自己注释),计算相对于背景它是否显著集中在某条通路、某一个细胞学定位、某一种生物学功能。 二、使用clusterProfiler进行GO/KEGG富集分析 clusterProfiler是一个功能强大的R包,同时支持GO和KEGG的富集分析,而且可视化功能...
GO有向无环图展示了GO term之间的分类关系,并且从另一方面帮助老师寻找显著富集的GO term。 四、引用 GO enrichment analysis was performed using the OmicShare tools,a free online platform for data analysis (www.omicshare.com/tools)。 五、详细版:英文method 加 引用 ...